劳动规章制度与劳动合同在效力上既相互独立又相互关联，具体关系如下：
一、相互独立
制定主体与程序：
- 劳动规章制度：由用人单位根据自身情况制定，需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）并公示或告知劳动者，以确保其合法性和有效性。
- 劳动合同：由用人单位与劳动者双方在平等自愿、协商一致的基础上签订，是双方意思表示一致的产物。
内容侧重点：
- 劳动规章制度：主要规定用人单位的劳动纪律、岗位职责、工作流程、奖惩措施等，是用人单位对劳动者进行日常管理的依据。
- 劳动合同：主要约定双方的权利义务，如工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬、社会保险等，是确立劳动关系的核心文件。
效力范围：
- 劳动规章制度：对用人单位及其全体劳动者具有普遍约束力，无论劳动者是否在劳动合同中明确约定遵守规章制度。
- 劳动合同：仅对签订合同的双方具有约束力，即用人单位和劳动者个人。
二、相互关联
劳动合同对劳动规章制度的引用：
- 劳动合同中可以明确约定劳动者需遵守用人单位的劳动规章制度，这样劳动规章制度就成为劳动合同的组成部分，对劳动者产生约束力。
- 如果劳动合同中未明确约定，但劳动者在实际工作中已经知晓并遵守了劳动规章制度，且该规章制度不违反法律法规的强制性规定，那么该规章制度也可能对劳动者产生约束力。
劳动规章制度对劳动合同的补充：
- 当劳动合同对某些事项约定不明确或未约定时，可以参照用人单位的劳动规章制度来执行。例如，关于加班工资的计算方法、年假的享受条件等，如果劳动合同中没有明确规定，可以依据劳动规章制度来确定。
- 劳动规章制度还可以作为处理劳动争议的依据之一。在劳动争议仲裁或诉讼中，如果双方对劳动合同的某些条款存在争议，且劳动合同中没有明确规定或规定不明确时，可以参照劳动规章制度来裁决或判决。
效力冲突时的处理：
- 当劳动规章制度与劳动合同的内容发生冲突时，通常应以劳动合同为准。因为劳动合同是双方直接协商的结果，更体现了双方的真实意思表示。
- 但是，如果劳动规章制度经过民主程序制定并公示或告知劳动者，且其内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，同时劳动合同中也未明确排除该规章制度的适用时，该规章制度也可能对劳动者产生约束力。在这种情况下，需要综合考虑双方的具体情况、合同目的、公平原则等因素来确定应适用哪个文件。
三、实际案例说明
假设某用人单位在劳动规章制度中规定：“员工加班需提前向部门主管申请，并经批准后方可加班，否则不支付加班工资。”而在与某员工的劳动合同中并未明确约定加班工资的计算方法或加班申请流程。后来，该员工未经批准自行加班并要求用人单位支付加班工资。在此情况下：
- 如果用人单位能够证明该员工已经知晓并同意遵守劳动规章制度中的加班申请流程，且该流程不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以依据劳动规章制度拒绝支付加班工资。
- 如果用人单位无法证明该员工已经知晓并同意遵守该规章制度，或者该规章制度本身存在违法情形（如未经民主程序制定、未公示或告知劳动者等），那么用人单位可能需要依据劳动合同法的相关规定支付加班工资。
总结来看，劳动规章制度与劳动合同在效力上既相互独立又相互关联。在实际操作中，用人单位应确保劳动规章制度的合法性和有效性，并在劳动合同中明确约定劳动者需遵守的规章制度内容；劳动者也应认真阅读并了解劳动规章制度的内容，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。