针对您提出的“采购的原料在保质期内变质，已使用的部分怎么索赔”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若变质原料已使用部分导致实际损害（如产品质量问题、生产事故等）
   您可依据《民法典》第1202条（产品生产者责任）或第1203条（产品缺陷损害赔偿）向供应商主张赔偿。需证明：

   • 原料在保质期内变质（提供采购合同、保质期证明、检测报告等）；
     
   • 已使用部分与损害结果存在因果关系（如生产出的产品被检测不合格，或因原料变质导致设备损坏等）；
     
   • 实际损失金额（如返工成本、客户索赔、停产损失等）。
     索赔路径：直接向供应商协商赔偿，或通过诉讼/仲裁要求其承担修理、重作、更换、退货、减少价款或赔偿损失等责任。

2. 若变质原料已使用部分未导致实际损害，但供应商存在违约行为
   若合同明确约定原料质量标准（如“符合国家食品安全标准”“无变质”等），而供应商交付的原料在保质期内变质，即使已使用部分未造成损害，您仍可依据《民法典》第577条（违约责任）主张：

   • 解除合同并要求退货退款；
     
   • 要求供应商承担违约责任（如支付违约金、赔偿差价损失等）。
     关键证据：采购合同、质量检验报告、沟通记录（如邮件、微信）证明您曾向供应商提出质量异议。

3. 若供应商主张“已使用部分视为验收合格”
   需警惕供应商以“您已使用原料”为由抗辩。根据《民法典》第621条，若您在合理期限内未通知或自收到原料之日起2年内未通知（约定检验期的以约定为准），供应商可主张您放弃质量异议权。但若您能证明：

   • 变质问题在验收时难以发现（如隐蔽瑕疵）；
     
   • 发现问题后立即通知供应商并留存证据（如书面函件、录音）；
     则仍可主张索赔。

行动建议：

• 立即停止使用剩余原料，封存样品并委托第三方检测机构出具变质证明；
  
• 整理采购合同、付款凭证、沟通记录等证据链；
  
• 根据实际损失情况，选择与供应商协商或直接起诉/申请仲裁。
  

若涉及复杂技术问题（如变质原因鉴定）或大额索赔，可进一步向我说明细节，我会协助您制定具体方案。