若要在合同中明确“此合同只作为备案使用，不作为付款依据”，并确保条款的严谨性，建议增加以下附件或补充条款：

1. 《付款条件专项协议》
   作为独立附件，明确约定付款的具体条件、时间节点、支付方式及触发付款的核心依据（如验收单、发票、服务成果交付证明等），避免与备案合同条款产生冲突。
   示例条款：

   “本合同仅用于XX（备案机关）备案登记，双方实际权利义务以《付款条件专项协议》为准。付款方应按照《付款条件专项协议》第X条约定，在收到乙方提交的合法有效发票及验收证明后X个工作日内支付款项。”

2. 《备案合同与实际履行分离声明》
   以书面文件形式由双方盖章确认，阐明备案合同与实际履行合同的关系，强调备案合同不涉及经济条款效力。
   示例条款：

   “双方确认：本合同为备案用途，不作为双方结算、付款或追究违约责任的依据。实际履行中，双方权利义务以另行签订的《主服务合同》（合同编号：XXX）为准。”

3. 《主合同及补充协议清单》
   若存在多份关联合同（如框架协议、订单、补充协议等），需列明所有有效文件的名称、编号及效力层级，避免因文件冲突导致付款依据争议。
   示例条款：

   “本合同备案后，双方实际履行以下文件：1.《主服务合同》（2024版）；2.《订单确认书》（编号：XXX）。上述文件与本合同不一致的，以实际履行文件为准。”

4. 《履约证明文件清单》
   明确付款所需提交的证明材料（如交付物签收单、服务报告、第三方检测证书等），将付款条件与备案合同完全脱钩。
   示例条款：

   “甲方支付款项时，乙方需提供以下文件：1. 经甲方签字的《服务验收单》；2. 金额为XXX元的合法增值税专用发票。缺少任一文件，甲方有权拒绝付款且不构成违约。”

操作建议：

• 若备案机关要求合同内容必须完整，可在备案合同中增加“特别约定”章节，载明“本合同经济条款无效，具体以附件为准”，但需提前与备案机关沟通确认是否允许此类表述。
  
• 所有附件需与备案合同同时签署，并由双方加盖骑缝章，确保文件完整性。
  
• 涉及政府采购或招投标项目的，需核对《招标文件》及《中标通知书》中的付款条款，避免与备案合同产生实质性背离。
  

如有进一步细节需要完善（如合同类型、备案机关要求等），可随时补充说明，我会协助调整条款设计。