在员工申请工伤鉴定时，关于证明材料的开具，这主要涉及到公司的协助义务与责任。首先，要明确的是，公司负有明确的协助义务，并需按要求提供相关证明材料，而不是由某个部门单独开具证明。
具体来说，当员工发生事故伤害或被诊断为职业病时，公司（用人单位）应当在规定的时间内，通常是自事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。这一过程中，公司需要准备并提交一系列关键材料，其中包括但不限于：
工伤认定申请表：这是申请工伤鉴定的基础文件，需要详细填写事故发生的时间、地点、原因及员工的伤害程度等基本信息。
劳动关系证明材料：这些材料用于证明员工与公司之间存在劳动关系，包括但不限于劳动合同文本复印件、工资发放记录、工作证、考勤记录等。这些材料通常由公司的人力资源部门或相关管理部门负责提供。
医疗机构诊断证明材料：这是证明员工伤情或职业病情况的重要文件，需要由医疗机构出具受伤后诊断证明书或职业病诊断证明书（或职业病诊断鉴定书）。
如果公司拒绝履行协助义务或提供必要证明材料，员工并不因此丧失申请工伤认定的权利。员工或其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或被诊断为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地的社会保险行政部门提出工伤认定申请。在申请过程中，如果因缺少公司掌握管理的材料导致无法提供，社会保险行政部门有权要求公司在指定期限内提供。若公司仍不提供，社会保险行政部门可以根据员工提供的证据或调查取得的证据，依法作出工伤认定决定。
总结来说，员工做工伤鉴定时，不是由某个部门单独开具证明，而是由公司整体负责提供一系列必要的证明材料。公司应充分认识到自身在工伤鉴定过程中的法律责任，积极履行协助义务，以确保员工的合法权益得到及时有效的保护。同时，员工也应了解相关法律规定和申请流程，以便在必要时依法维护自己的权益。