确认1999年第二轮土地承包中农民是否取得土地承包权，主要适用的法律规定是《中华人民共和国农村土地承包法》。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国农村土地承包法》：

   • 该法于2002年8月29日由第九届全国人民代表大会常务委员会第二十九次会议通过，并自2003年3月1日起施行。虽然该法实施时间晚于1999年第二轮土地承包，但它是规范农村土地承包关系的基本法律，其原则和精神适用于包括1999年第二轮土地承包在内的所有农村土地承包活动。特别是该法中关于土地承包权的取得、确认、保护等方面的规定，对于判断1999年第二轮土地承包中农民是否取得土地承包权具有重要指导意义。
   • 具体来说，该法规定了土地承包的原则、程序、承包期限、承包合同的内容等，这些规定都是判断农民是否取得土地承包权的重要依据。例如，该法规定，农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式，承包方自承包合同生效时取得土地承包经营权。

2. 相关政策文件：

   • 在1999年第二轮土地承包期间，国家还出台了一系列相关政策文件，如关于延长土地承包期的通知等，这些政策文件也对农民取得土地承包权产生了重要影响。虽然这些政策文件不属于法律范畴，但它们是法律实施的重要补充和具体化，对于理解法律精神和判断农民是否取得土地承包权同样具有重要意义。

二、判断标准

在1999年第二轮土地承包中，农民是否取得土地承包权，主要依据以下标准进行判断：

1. 承包合同的签订：

   • 农民与农村集体经济组织签订了土地承包合同，是判断农民是否取得土地承包权的重要依据。承包合同是明确双方权利义务关系的法律文件，具有法律效力。

2. 承包经营权的取得：

   • 根据《中华人民共和国农村土地承包法》的规定，承包方自承包合同生效时取得土地承包经营权。因此，如果农民与农村集体经济组织签订了承包合同，并且合同已经生效，那么农民就取得了土地承包经营权。

3. 实际占有和使用土地：

   • 农民实际占有和使用承包土地，也是判断其是否取得土地承包权的重要依据。如果农民虽然签订了承包合同，但并未实际占有和使用土地，那么其土地承包权可能受到质疑。

三、实际应用

在实际操作中，如果农民需要确认自己在1999年第二轮土地承包中是否取得了土地承包权，可以采取以下措施：

1. 查阅承包合同：

   • 农民可以查阅自己与农村集体经济组织签订的土地承包合同，确认合同是否已经签订并生效。

2. 咨询当地农村土地管理部门：

   • 农民可以向当地农村土地管理部门咨询，了解自己在1999年第二轮土地承包中的具体情况，包括是否取得了土地承包权、承包期限等。

3. 寻求法律援助：

   • 如果农民在确认土地承包权过程中遇到法律问题或纠纷，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。

如有任何关于农村土地承包权的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。