分公司员工是否适用于总公司的制度，需分情况讨论，具体如下：

1. 若分公司依法设立并领取营业执照，具有独立民事主体资格：

   • 在这种情况下，分公司虽然与总公司存在关联关系，但在法律上被视为独立的民事主体。因此，分公司员工原则上应适用分公司自身的规章制度，而非直接适用总公司的制度。
   • 然而，如果总公司的制度经过分公司员工的同意或认可，或者分公司明确规定将总公司的某些制度作为自身制度的一部分，那么这些制度也可以对分公司员工产生约束力。

2. 若分公司未依法设立或未领取营业执照，不具有独立民事主体资格：

   • 在此情形下，分公司实际上并不具备独立的法律地位，而是作为总公司的一个分支机构存在。因此，分公司员工应适用总公司的制度，因为分公司本身并不具备制定和实施独立规章制度的能力。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，分公司是总公司的分支机构，其民事责任由总公司承担。但分公司是否具有独立民事主体资格，取决于其是否依法设立并领取营业执照。
• 建议：
  • 对于总公司而言，如果希望分公司员工也适用总公司的制度，应在分公司设立时明确规定，并在与分公司员工签订劳动合同时予以明确约定。
  • 对于分公司员工而言，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解自己应遵守的规范。如果对制度适用有疑问，应及时向公司人力资源部门或法律顾问咨询。

可能法律后果：

• 如果分公司员工未遵守应适用的制度（无论是分公司自身制度还是总公司制度），可能面临公司的纪律处分，甚至解除劳动合同的风险。
• 如果因制度适用问题引发劳动争议，双方应首先通过协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您在制度适用或劳动争议方面遇到具体问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。