核心结论：在此类买三送一共40次服务、顾客做了3次后退款的情况下，合理合规的退款方式需根据合同约定、公平原则及实际履行情况综合确定，一般可按以下两种思路处理：

1. 若合同有明确约定
   首先查看购买时签订的合同或服务协议中是否对“退款规则”有明确条款（如“已消费次数按单价扣除，剩余次数全额退款”或“需支付一定比例违约金后退款”）。

   • 若有约定：按合同条款执行即可。例如合同约定“已消费次数按原价（假设单次原价为X元）扣除，剩余次数退款”，则退款金额=总支付金额-3×X；若约定需支付违约金（如总金额的20%），则退款金额=总支付金额×(1-20%)-已消费部分价值。
     
   • 若约定显失公平（如违约金过高、扣除比例不合理）：顾客可依据《民法典》第497条主张条款无效，要求按实际损失调整退款金额。

2. 若合同无明确约定
   根据《民法典》第577条（违约责任）和第584条（损失赔偿范围），需按“公平原则”和“实际损失”计算退款：

   • 已消费部分：按套餐平均单价计算。例如买三送一共40次，实际支付金额为Y元，则单次平均价格为Y÷40，已消费3次的费用为3×(Y÷40)，需从总金额中扣除。
     
   • 未消费部分：剩余37次的费用应全额退还，即退款金额=Y-3×(Y÷40)。
     
   • 商家实际损失：若商家因顾客退款产生直接损失（如已采购的耗材、预留的服务资源等），可要求顾客赔偿，但需提供证据证明损失金额，且赔偿额不得超过未消费部分的价值。

补充建议：

• 商家与顾客应优先协商，明确退款金额和方式，避免纠纷升级；
  
• 若协商不成，顾客可向消费者协会投诉或通过诉讼解决，需保留购买合同、付款记录、消费记录等证据；
  
• 商家在制定套餐时，建议提前在合同中明确退款规则（如“已消费次数按原价扣除，剩余次数7日内无理由退款”），减少后续争议。
  

如有具体合同条款或金额细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。