结论：农商银行50万定期三年未到期取出，是否需要赔付违约金，这主要取决于您与银行签订的定期存款协议中的具体条款。若协议中明确规定了提前支取需支付违约金，则您需要按照协议支付；若协议中未规定或规定不明确，则通常不需要支付违约金，但可能会面临利息损失。

详细分析：

1. 协议规定：

   • 定期存款协议是您与银行之间就存款事宜达成的书面约定，具有法律效力。协议中通常会明确规定存款期限、利率、提前支取的条件及后果等。
   • 若协议中明确规定了提前支取需支付违约金，那么您在提前支取时，就需要按照协议中的规定向银行支付相应的违约金。违约金的金额和计算方式也会在协议中明确。
   • 若协议中未规定提前支取需支付违约金，或规定不明确，则根据一般商业惯例和法律规定，您通常不需要支付违约金。但需要注意的是，提前支取可能会导致您无法享受原定的定期存款利率，从而面临利息损失。

2. 利息损失：

   • 即使不需要支付违约金，提前支取定期存款也通常会导致您无法获得原定的定期存款利息。银行会根据您实际存款的时间，按照活期存款利率或其他较低利率计算利息。
   • 利息损失的计算公式：利息损失 = 原定定期存款利息 - 实际获得利息。其中，原定定期存款利息 = 存款金额 × 原定定期存款利率 × 存款期限（年）；实际获得利息 = 存款金额 × 实际存款利率 × 实际存款时间（年）。

3. 实际操作建议：

   • 在决定提前支取定期存款前，建议您先仔细阅读定期存款协议，了解提前支取的具体规定和后果。
   • 如果您对协议中的条款有疑问或不确定，可以直接联系农商银行的客服或前往银行网点咨询，以获取更准确的信息。
   • 如果您确实需要提前支取定期存款，且协议中规定了违约金，您可以考虑与银行协商，看是否能够减免部分或全部违约金。

后续行动建议：

• 如果您对农商银行的定期存款协议或提前支取的具体规定有进一步疑问，或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。作为专业律师，我将根据您的具体情况和需求，提供更全面、准确的法律建议。