要起诉确认政府部门文件违法，您需要准备以下几类证据：
证明文件存在的证据：
- 您需要首先证明该政府部门文件确实存在，并且是由该部门发布的。这通常可以通过获取文件的正式文本、官方公告、政府网站上的发布记录等来实现。如果文件是以书面形式发布的，保留原件或复印件；如果是电子形式，保存电子文档或打印件，并尽可能获取发布该文件的官方链接或截图。
证明文件违法的证据：
- 法律依据：您需要找到相关的法律法规，证明该文件的内容或发布程序违反了法律规定。这可能包括宪法、法律、行政法规、地方性法规等。例如，如果文件限制了公民的合法权益而没有法律依据，或者文件制定程序违反了法定程序（如未经过公开征求意见、未经过合法审批等），这些都可能构成违法。
- 事实依据：除了法律依据外，您还需要提供事实依据来支持您的主张。这可能包括文件实施后对您或他人造成的实际影响、相关统计数据、专家意见、证人证言等。例如，如果文件导致了您的财产损失或权益受限，您可以提供相关的财务记录、合同、照片、视频等作为证据。
证明您与该文件有利害关系的证据：
- 为了证明您有资格提起诉讼，您需要证明您与该政府部门文件有利害关系。这通常意味着文件直接影响了您的合法权益。您可以通过提供身份证明、相关权益证明（如房产证、土地证、营业执照等）以及文件如何影响您权益的具体说明来证明这一点。
其他辅助证据：
- 根据具体情况，您可能还需要提供其他辅助证据来支持您的主张。例如，如果文件涉及特定项目或活动，您可以提供与该项目或活动相关的规划、审批文件等；如果文件涉及行政处罚或行政强制措施，您可以提供相关的处罚决定书、执行记录等。
在准备证据时，您还需要注意以下几点：
- 证据的真实性：确保您提供的所有证据都是真实、可靠的，没有伪造或篡改。
- 证据的合法性：证据的收集和提供必须符合法律规定，不得通过非法手段获取证据。
- 证据的充分性：尽量提供全面、充分的证据来支持您的主张，以便法院能够全面了解案件情况并作出公正判决。
最后，我想强调的是，起诉确认政府部门文件违法是一项复杂的法律行为，需要您具备足够的法律知识和诉讼经验。如果您对此不太熟悉或感到困惑，建议您在准备证据和提起诉讼前咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我专注于行政纠纷等领域），以确保您的权益得到有效维护。