结论：挂靠代理公司进行专利申请是否合法，需根据具体情况判断，包括挂靠行为是否违反相关法律法规、是否损害国家或他人利益等。以下从多个角度进行详细分析：

1. 挂靠行为的合法性基础：

   • 在专利申请领域，通常要求申请人或代理人具备相应的资质和条件。如果所谓的“挂靠代理公司”是指没有专利代理资质的个人或机构通过挂靠有资质的公司来从事专利代理活动，那么这种行为可能是违法的。因为根据《专利代理条例》等相关规定，从事专利代理业务必须取得相应的资质，并遵守相关的行业规范和法律法规。
   • 如果挂靠行为仅是公司内部的一种合作或管理方式，且不涉及违法违规的代理活动，那么这种挂靠行为本身可能并不违法。但关键在于，这种挂靠是否导致了违法违规的代理行为的发生。

2. 可能涉及的违法违规行为：

   • 无资质代理：如果挂靠方没有专利代理资质，却以被挂靠公司的名义从事专利代理活动，这构成了无资质代理，是违法的。
   • 虚假宣传或误导：如果挂靠方或被挂靠公司在宣传或业务过程中存在虚假宣传或误导客户的行为，如夸大代理能力、虚构成功案例等，这也可能构成违法。
   • 损害国家或他人利益：如果挂靠行为导致了国家税收的流失、客户权益的损害或其他不良后果，那么这种行为也是违法的。

3. 法律后果与风险：

   • 对于无资质代理等违法行为，相关监管部门可能会对涉事方进行处罚，包括罚款、没收违法所得、吊销资质等。
   • 如果挂靠行为导致了客户权益的损害，客户有权要求涉事方承担赔偿责任。
   • 在严重的情况下，如果挂靠行为构成了犯罪，如诈骗、非法经营等，涉事方还可能面临刑事责任的追究。

4. 建议与措施：

   • 核实资质：在选择专利代理公司时，务必核实其是否具备相应的专利代理资质，并查看其过往的代理案例和客户评价。
   • 签订合同：与代理公司签订正式的代理合同，明确双方的权利和义务，以及代理范围、费用等关键条款。
   • 保留证据：在代理过程中，保留好所有相关的文件和证据，以便在出现问题时能够及时维权。
   • 及时咨询：如果对代理公司的行为或代理过程存在疑问或担忧，应及时咨询专业律师或相关监管部门，以获取专业的意见和建议。

进一步思考：在专利申请过程中，选择合法、有资质的代理公司是至关重要的。这不仅关系到申请的成功率，还关系到申请人的合法权益是否能够得到保障。因此，在做出选择前，务必进行充分的调查和了解，确保所选代理公司具备相应的资质和信誉。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。