针对员工迟到但又加班的情况，处理方式需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行综合考量。以下是从不同角度给出的分析和建议：

1. 公司规章制度的角度：

   • 规章制度内容：首先，要查看公司的规章制度中是否有关于迟到和加班的具体规定。规章制度应明确迟到如何处理（如扣减工资、警告等）以及加班的补偿方式（如调休、加班费等）。
   • 执行原则：如果规章制度中有明确规定，公司应按照规章制度执行。但需注意，规章制度的制定和执行必须合法合规，不得侵犯员工的合法权益。

2. 劳动合同的角度：

   • 合同条款：劳动合同是员工与公司之间约定权利和义务的法律文件。如果劳动合同中有关于迟到和加班的特别约定，应优先按照劳动合同执行。
   • 合同变更：如果公司希望修改关于迟到和加班的合同条款，应与员工协商一致，并签订书面变更协议。

3. 法律法规的角度：

   • 迟到处理：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，迟到通常不属于严重违反公司规章制度的行为，除非规章制度中有明确规定且该规定合法有效。因此，公司不能随意对迟到员工进行严厉处罚，如解雇等。
   • 加班补偿：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
     • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
     • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
     • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 综合考量：在处理迟到和加班问题时，公司应综合考虑员工的实际工作情况、迟到和加班的频率及原因等因素，做到公平合理。

4. 实际操作建议：

   • 沟通协商：对于迟到但又加班的员工，公司应首先与其进行沟通协商，了解迟到和加班的具体原因，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 灵活处理：在符合公司规章制度和法律法规的前提下，公司可以灵活处理迟到和加班问题，如给予一定的宽限期、提供调休机会等。
   • 记录留存：公司应做好迟到和加班的记录留存工作，以便在需要时提供证据支持。

总结来说，处理员工迟到但又加班的问题时，公司应遵循合法合规、公平合理的原则，结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行综合考量。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。