结论前置：公司不能仅以员工患有乙肝为由将其辞退，否则可能构成违法解除劳动合同，员工有权依法维护自己的合法权益。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律规定与权益保护
《中华人民共和国劳动法》与《中华人民共和国就业促进法》：
- 这两部法律明确规定，劳动者享有平等就业和选择职业的权利，用人单位不得因劳动者患传染病等疾病而歧视或违法解除劳动合同。乙肝病毒携带者，若肝功能正常，能够正常工作和学习，应享有平等的就业权利。
《关于进一步规范入学和就业体检项目维护乙肝表面抗原携带者入学和就业权利的通知》：
- 除特定禁止从事的工作外，用人单位不得因劳动者携带乙肝表面抗原而拒绝招用或辞退。这进一步保护了乙肝病毒携带者的就业权益。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 该法规定了用人单位可以解除劳动合同的情形，但乙肝并不包含在内。若用人单位违反规定，以患有乙肝为由辞退员工，则构成违法解除劳动合同，需承担法律责任。
二、特殊情形下的合法处理
特定行业的限制：
- 对于国家法律、行政法规和国务院卫生行政部门明确规定的禁止乙肝患者从事的易使传染病扩散的工作（如直接从事接触入口食品、托幼机构保育、美容美发、公共浴室等），用人单位在员工被查出乙肝且不适合该工作岗位时，有权进行调岗。但调岗前应与员工充分沟通，并确保调岗的合理性和合法性。
调岗与解除合同的程序：
- 若员工无法从事新安排的工作，也不能胜任其他工作，用人单位应提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同。在此过程中，用人单位需依法支付经济补偿，补偿标准通常按每满一年支付一个月工资的标准执行。
三、员工维权步骤
了解相关法律规定：
- 员工应首先了解自己的合法权益，包括上述提到的相关法律法规，以便在维权过程中有法可依。
收集证据：
- 包括劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等劳动关系证据，以及辞退通知、解除劳动合同协议书或与公司领导、人事的聊天记录、通话录音等辞退证据。同时，准备医院的诊断证明、病历等医疗证据，以证明自己患有乙肝的情况。
与公司协商：
- 尝试与公司人力资源部门或领导进行友好协商，指出公司行为的违法性，并要求撤销辞退决定或给予合理经济补偿。协商过程中，保持冷静和理智，避免采取过激行为。
申请劳动仲裁或投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。注意在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。同时，也可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。
提起诉讼：
- 对仲裁结果不满意时，可在规定期限内向有管辖权的人民法院提起诉讼。一审法院将审理并作出判决，若对一审判决不服，可在判决书送达之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉。
四、建议与指导
- 保持冷静与关注健康：在维权过程中，员工应保持冷静和理智，避免采取过激行为。同时，积极配合医生的治疗和建议，保持良好的心态和身体状态。乙肝并不构成影响工作能力的合理理由，且现代医疗技术已能有效控制和治疗。
- 寻求专业法律帮助：在整个维权过程中，员工可以考虑向我咨询或聘请我这样的专业律师提供法律建议和帮助。我将根据具体情况制定合适的维权策略，并提供全程法律支持。
综上所述，公司不能仅以员工患有乙肝为由将其辞退。若员工因此被辞退，应依法维权，通过了解法律规定、收集证据、与公司协商、申请仲裁或提起诉讼等步骤来争取公正待遇。