工程公司将正常的结款单写成借款单，这种做法通常是不规范且可能存在法律风险的，其背后可能涉及多种动机或原因，但并不意味着这种做法是合理或合法的。以下从几个角度分析可能的原因及法律后果：
一、可能的原因
财务处理便利：
- 某些公司可能出于财务处理上的便利，选择使用借款单来记录工程款项的支付。这种做法可能简化了财务流程，但却忽视了法律上的合规性和准确性。
规避税务监管：
- 在某些情况下，公司可能试图通过借款单的形式来规避税务监管，减少应纳税额。然而，这种做法是违法的，一旦被发现，将面临严重的法律后果。
内部管理混乱：
- 公司内部管理混乱，缺乏规范的财务和合同管理制度，也可能导致结款单被错误地写成借款单。
特定交易安排：
- 在极少数情况下，双方可能基于特定的交易安排或协议，同意以借款单的形式记录工程款项的支付。然而，这种安排必须明确、合法，并符合相关法律法规的规定。
二、法律后果
合同纠纷风险：
- 将结款单写成借款单可能导致合同双方对款项性质产生争议，从而引发合同纠纷。在纠纷解决过程中，法院或仲裁机构将根据合同内容、交易习惯以及相关法律法规来判定款项的性质和归属。
税务违法风险：
- 如果公司试图通过借款单的形式来规避税务监管，将面临税务违法风险。税务机关有权对公司的税务情况进行检查，一旦发现违法行为，将依法进行处罚，包括补缴税款、加收滞纳金以及罚款等。
法律责任承担：
- 如果因借款单的使用导致公司或个人承担了不应承担的法律责任，如因误解而支付的款项无法追回等，相关责任方将需要承担相应的法律后果。
三、建议
规范财务和合同管理制度：
- 公司应建立规范的财务和合同管理制度，明确结款单和借款单的使用范围和审批流程，确保财务处理的准确性和合规性。
加强法律意识和风险防范：
- 公司应加强对员工的法律培训，提高法律意识和风险防范能力。在签订合同和进行财务处理时，应充分考虑法律因素，避免违法行为的发生。
及时咨询专业律师：
- 如果公司对结款单和借款单的使用存在疑问或困惑，应及时咨询专业律师的意见。律师将根据公司的具体情况和相关法律法规，提供针对性的法律建议和解决方案。
如有任何关于建设工程领域法律问题的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况和需求，提供专业、全面的法律服务。