是的，合作建房协议书若违反《土地管理法》第六十三条的规定，通常会被认定为无效。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律背景
《土地管理法》第六十三条明确规定，农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设；但是，符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外。这一条款旨在保护农村集体土地资源，防止其被非法用于非农业建设，从而维护农村土地市场的稳定和农民的合法权益。
二、合作建房协议书的无效情形
违反土地用途管制：
- 如果合作建房协议书约定的建房用途违反了土地利用总体规划，或者将农村集体土地用于非农业建设（如建设商品房、商业楼宇等），则该协议书因违反《土地管理法》第六十三条而无效。
未经合法审批：
- 农村集体土地用于建设必须依法取得相关部门的审批。如果合作建房协议书未经过合法审批程序，或者审批程序存在瑕疵，也可能导致协议书无效。
损害公共利益或第三方权益：
- 如果合作建房协议书的履行会损害公共利益或第三方权益（如相邻权人的通风、采光、排水等权益），则该协议书也可能因违反法律强制性规定或公序良俗而无效。
三、法律后果
协议无效的处理：
- 根据《民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。因此，如果合作建房协议书被认定为无效，双方应恢复原状，即返还因协议书取得的财产，无法返还的应折价补偿。有过错的一方还应赔偿对方因此所受到的损失。
行政处罚风险：
- 违反《土地管理法》第六十三条的规定，还可能面临行政处罚的风险。相关部门有权对非法转让、出租农村集体土地使用权的行为进行查处，并可能处以罚款等行政处罚。
四、建议
谨慎签订合作建房协议书：
- 在签订合作建房协议书前，应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议书内容合法合规。特别是要关注土地用途、审批程序等关键条款，避免因违反法律强制性规定而导致协议书无效。
寻求专业法律意见：
- 如果对合作建房协议书的法律效力存在疑问，或者需要起草、审查合作建房协议书，建议寻求专业律师的法律意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助当事人规避法律风险。
关注政策动态：
- 农村土地政策可能随着时间和形势的变化而调整。因此，在签订合作建房协议书前，应关注相关政策动态，确保协议书内容符合最新政策要求。
如果您在合作建房协议书方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。