您好，针对您提出的“医保协议履行期间，若定点零售药店营业执照被注销，协议会怎么样”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，医保协议是行政协议的一种，它规定了医保经办机构和定点零售药店之间的权利和义务。在医保协议履行期间，如果定点零售药店的营业执照被注销，这通常意味着该药店已经失去了合法经营的资格。

根据《零售药店医疗保障定点管理暂行办法》（国家医疗保障局第3号令）的相关规定，如果定点零售药店被吊销、注销药品经营许可证或营业执照，医保经办机构是有权解除与其签订的医保协议的。这是因为，药店的营业执照是其合法经营的基础，一旦被注销，药店就无法再继续提供医保服务，也就无法履行医保协议中的相关义务。

具体来说，当定点零售药店的营业执照被注销后，医保经办机构会依据相关法律法规和医保协议的规定，启动解除协议的程序。这个程序通常包括告知药店解除协议的事实和理由、听取药店的陈述和申辩、作出解除协议的决定，并将决定书面送达药店，同时告知其提起复议或诉讼等救济途径。

此外，我还想提醒您的是，医保协议的解除是一种双向行为。虽然在这个情况下，是药店的营业执照被注销导致了协议的解除，但药店在协议履行期间也有权主动申请中止或解除医保协议（当然，这需要提前向医保经办机构提出申请，并经过协商一致）。不过，对于公立医疗机构来说，它们通常不得主动提出中止或解除医保协议，这是为了维护参保人的合法权益和公立医院的公益性。

综上所述，如果定点零售药店在医保协议履行期间营业执照被注销，那么医保经办机构是有权解除与其签订的医保协议的。这是基于相关法律法规和医保协议的规定，也是为了维护医保基金的安全和参保人的合法权益。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。