公司协议无效后的赔偿计算，主要依据协议无效的原因、双方过错程度以及实际损失情况来确定。以下我将从多个角度详细分析这个问题：
一、协议无效的原因及过错划分
因违反法律、行政法规的强制性规定而无效：
- 如果协议因违反法律、行政法规的强制性规定（如未经批准的对外担保、违反建筑资质规定等）而被认定无效，那么双方可能都有过错，也可能一方过错明显。过错划分将直接影响赔偿责任的承担。
因恶意串通损害国家、集体或第三人利益而无效：
- 在这种情况下，双方通常都有明显过错，且过错程度相当。赔偿时，双方可能需要共同承担对受损方的赔偿责任。
因一方以欺诈、胁迫手段订立协议而无效：
- 欺诈或胁迫方通常承担主要过错责任，受害方有权要求欺诈或胁迫方赔偿其因此遭受的损失。
二、赔偿计算的原则
实际损失原则：
- 赔偿应以受害方因协议无效而遭受的实际损失为限。这包括直接损失（如已支付的款项、因协议无效而产生的额外费用等）和间接损失（如预期利益的损失，但需注意，间接损失的赔偿通常受到严格限制，且需证明其合理性和必然性）。
过错相抵原则：
- 如果双方都有过错，那么赔偿时应根据各自的过错程度来分担损失。例如，如果一方承担70%的过错责任，另一方承担30%，那么赔偿时也应按照这一比例来分担。
损益相抵原则：
- 如果受害方因协议无效而获得了一些利益（如已使用的服务、已获得的货物等），那么这些利益应从赔偿金额中扣除。
三、具体赔偿计算方法
直接损失的计算：
- 直接损失通常比较容易计算，如已支付的款项、因协议无效而产生的额外费用（如律师费、诉讼费等）等。这些费用可以直接从赔偿金额中扣除或要求对方赔偿。
间接损失的计算：
- 间接损失的计算可能更为复杂。例如，预期利益的损失需要证明其合理性和必然性。在计算时，可以考虑市场情况、行业惯例、双方交易历史等因素。但需注意，法院在判决时通常会对间接损失的赔偿进行严格限制，以避免过度赔偿。
过错比例的确定：
- 过错比例的确定通常需要根据具体情况来判断。法院会考虑双方的过错程度、行为性质、对协议无效的贡献大小等因素来综合确定。
四、举例说明
假设甲乙双方签订了一份建设工程合同，但因甲方未取得建筑资质而导致合同无效。乙方已支付了部分工程款，并因合同无效而产生了额外的律师费和诉讼费。同时，乙方还预期通过该工程获得一定的利润。
- 直接损失：乙方已支付的工程款、律师费和诉讼费等可以直接要求甲方赔偿。
- 间接损失：乙方的预期利润损失可能需要证明其合理性和必然性。如果法院认为该利润损失是合理的且必然的，那么可能会根据双方的过错程度来判决甲方承担部分或全部赔偿责任。
- 过错比例：如果法院认为甲方在合同无效中承担主要过错责任（如70%），乙方承担次要过错责任（如30%），那么赔偿时也应按照这一比例来分担。
最后，需要强调的是，公司协议无效后的赔偿计算是一个复杂的过程，涉及多个因素和原则。如果面临类似情况，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议和赔偿计算方案。