结论：车位顶上不经过业主同意直接打孔，这一行为是否违法需分情况讨论，但通常情况下，未经业主同意擅自施工可能构成侵权或违反相关管理规定。
分析说明：
从物权法角度分析：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主对其建筑物专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利。车位作为业主的专有部分，其上方空间（在合理范围内）也应视为业主的物权范围。
- 若未经业主同意，在车位顶上打孔，可能侵犯了业主的物权，业主有权要求停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
从相邻关系角度分析：
- 相邻关系是指不动产的相邻各方在行使所有权或使用权时，因相互间依法应当给予方便或接受限制而发生的权利义务关系。
- 若打孔行为对相邻业主的车位使用、安全或美观等造成影响，可能违反了相邻关系的处理原则，相邻业主有权要求停止侵害或采取其他补救措施。
从物业管理规定角度分析：
- 小区物业管理通常会有相关规定，对业主的装修、改造等行为进行规范。
- 若打孔行为违反了物业管理规定，物业公司有权要求业主停止施工，并可能根据规定进行处罚或采取其他措施。
特殊场景：
- 若打孔行为是为了公共利益或紧急避险等特殊情况，且经过相关部门或业主委员会的批准，可能不构成违法。但即便如此，也应尽量减少对业主的影响，并在事后进行妥善修复或补偿。
后续行动建议：
- 与施工方沟通：首先尝试与施工方沟通，了解打孔的目的和必要性，要求其提供相关批准文件或证明。
- 向物业公司反映：若施工方无法提供合理证明或拒绝停止施工，可向物业公司反映情况，要求物业公司介入处理。
- 寻求法律援助：若问题无法得到妥善解决，可咨询专业律师（如我），了解具体法律途径和维权方式。
法律后果：
- 若打孔行为被认定为违法或侵权，施工方可能面临停止侵害、恢复原状、赔偿损失等法律责任。
- 业主也可能因维权行为而获得相应的法律救济和赔偿。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。