邻居在您家房顶打孔是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若房顶属于您家专有部分：
- 一般情况下，您对自家房顶享有专有权利，包括进行合理的使用和处置。但即便如此，邻居未经您同意私自打孔，也涉嫌侵犯您的财产权。因为这种行为可能对您的房屋结构、防水性能等造成潜在损害，影响您的居住安全和房屋价值。
- 法律依据：根据《民法典》中关于物权保护的规定，物权受到侵害的，权利人可以依法请求损害赔偿，也可以依法请求承担其他民事责任。因此，您有权要求邻居停止侵害、恢复原状，并赔偿由此造成的损失。
若房顶属于公共区域或共有部分：
- 如果房顶属于整栋楼的公共区域或共有部分，那么其使用和维护需要遵循相关的物业管理规定和业主共同决定。在这种情况下，邻居未经相关部门许可和业主共同同意，私自进行打孔等行为，通常是违规的。
- 法律依据：根据《物业管理条例》等相关规定，业主、物业使用人应当遵守法律、法规以及管理规约，不得损害公共利益和他人合法权益。对于违反规定的行为，物业服务企业有权制止，并向有关行政管理部门报告。
- 后果：邻居的行为可能面临物业服务企业的制止、行政主管部门的处罚，以及因损害公共利益而需承担的赔偿责任。
给您的一些建议：
- 与邻居沟通：首先，您可以尝试与邻居进行友好沟通，了解其打孔的具体原因和目的，并表达您的关切和不满。如果邻居能够认识到其行为的错误性，并主动采取措施进行修复或赔偿，那么问题可能得到妥善解决。
- 收集证据：如果沟通无果，您需要收集相关证据，如照片、视频、证人证言等，以证明邻居的行为对您造成了损害。
- 寻求法律帮助：在收集到足够证据后，您可以向我这样的专业律师咨询，了解具体的法律途径和维权策略。根据情况，您可以选择向法院提起诉讼，要求邻居承担相应的法律责任。
可能面临的法律后果：
- 如果邻居的行为被认定为违法或违规，其可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。具体后果取决于行为的性质、情节以及造成的损害程度。
总之，邻居在您家房顶打孔是否违法，需要根据房顶的属性、相关规定以及施工的合法性等因素进行综合判断。如果您对此事有疑虑或担忧，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。