被告人非法占地并饲养家禽的处理方式需结合具体违法情节、法律后果及行政/司法程序综合判断，主要分为以下两种情形：

1. 行政处罚阶段：自然资源部门介入

若非法占地行为尚未达到刑事立案标准（如占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），通常由县级以上自然资源部门依据《土地管理法》第七十七条处理：

• 责令退还土地：要求被告人限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；
• 罚款：按非法占用土地面积处以每平方米100元以上1000元以下罚款（具体标准因地而异）；
• 家禽处理：若家禽饲养设施属于违法建设的一部分（如搭建的禽舍），需一并拆除；若家禽本身占用土地（如散养占用耕地），需责令清理并退还土地。

关键点：行政处罚需以“非法占地”事实成立为前提，自然资源部门需通过现场勘验、询问笔录等证据固定违法事实。

2. 刑事追责阶段：涉嫌非法占用农用地罪

若非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大（如占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），造成耕地等农用地大量毁坏的，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪：

• 刑事处罚：处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；
• 附带民事责任：法院可同时判决被告人承担土地复垦费用或生态修复责任；
• 家禽处理：若家禽饲养是非法占地行为的一部分（如为经营养殖场非法占地），家禽可能作为违法所得被依法处置（如拍卖、变卖后折抵罚款或赔偿）；若家禽与违法占地无直接关联（如个人少量饲养），则可能不涉及处置，但土地仍需退还。

关键点：刑事立案需满足“数量较大+造成农用地大量毁坏”双重标准，司法实践中需通过专业机构鉴定土地毁坏程度。

实务建议

1. 证据固定：若您是被告人，需尽快委托律师收集土地权属证明、用地审批文件等证据，证明占地行为的合法性或减轻情节（如误占、短期占用）；
2. 协商整改：在行政处罚阶段可主动与自然资源部门协商，通过补办用地手续、缴纳罚款等方式争取从轻处理；
3. 刑事辩护：若已进入刑事程序，需重点论证是否满足“造成农用地大量毁坏”的构成要件，或是否存在自首、立功等法定从宽情节。

提示：具体处理需结合占地性质（如是否为基本农田）、面积、用途及当地政策，建议提供详细信息进一步分析。