针对您提出的“被占用养殖区怎么处理”的问题，这确实是一个涉及多方面因素和政策规定的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确养殖区被占用的具体情况，包括占用的土地类型（如林地、耕地等）、占用的时间、占用的方式（合法或非法）以及是否符合相关政策规定等。这些因素将直接影响处理方式和结果。
一、针对林地占用情况
历史遗留问题处理：
- 对于违法占用林地的养殖场，如果历史沿革较长，尤其是在相关法律法规出台之前的违法行为，应充分考虑当时实际情况，遵循“尊重历史、注重现实、实事求是、关爱民生、有利发展”的原则进行妥善处理。
- 对于相关法律法规出台后的违法行为，则要根据违法情形，按照法律规定的处罚标准进行处理。
刑事立案与处罚：
- 如果违法占用林地达到刑事立案标准，应依法移送司法机关处理。同时，有关政府部门可以主动说明相关情况，争取获得司法机关的理解。
用地审批与手续办理：
- 对依法履行处罚程序后，符合用地审批条件的养殖场，可依法依规办理相关用地手续。
二、针对耕地占用情况
永久基本农田占用：
- 养殖场这类破坏耕作层的养殖类设施农业，原则上不允许占用永久基本农田。
- 如果在特定政策下（如2019年底至2021年11月27日前的鼓励生猪生产政策）确实难以避让少量永久基本农田，且已补划，则可能不需拆除。但自2021年11月27日后，严禁新增占用永久基本农田建设畜禽养殖设施。
一般耕地占用：
- 2021年11月27日前，占用一般耕地建设的设施农业，因建设时没有违法违规，通常不需拆除。
- 2021年11月27日后，未经审批建设占用耕地的，可能面临拆除风险。但若经过批准并符合相关标准，且落实了“进出平衡”，则可能不需拆除。
三、综合处理建议
了解政策与法规：
- 首先，您需要详细了解当地关于养殖区占用的相关政策和法规，包括土地管理、农业设施用地管理等方面的规定。
咨询当地政府部门：
- 建议您咨询当地自然资源、农业农村等部门，了解您的养殖区占用情况是否符合政策规定，以及可能的处理方式和结果。
准备相关材料：
- 根据政府部门的要求，准备相关材料，如土地使用证明、养殖场建设审批文件等，以便在处理过程中提供必要的证据。
积极配合处理：
- 如果您的养殖区确实存在占用问题，应积极配合政府部门的处理工作，按照要求进行整改或补办相关手续。
寻求法律援助：
- 如果您对处理结果有异议或认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
总之，被占用养殖区的处理方式取决于多种因素，包括土地类型、占用时间、占用方式以及是否符合相关政策规定等。建议您详细了解当地政策和法规，咨询当地政府部门，并积极配合处理工作。如有需要，也可以寻求法律援助以维护自己的合法权益。