针对您提出的“村书记把房建在小区是否违法以及如何处理”的问题，这实际上涉及到村委会（或村书记代表村委会）在小区建设方面的合法性判断及后续处理措施。以下是我为您提供的详细解答：
一、合法性判断
符合审批程序与规划要求：
- 如果村书记（代表村委会）在建设小区前，已经依法办理了所有必要的审批手续，包括但不限于农用地转用审批、建设工程规划许可证、施工许可证等，并且建设行为严格符合土地利用总体规划和城乡规划的要求，那么这种建设行为是合法的。
用于村民自住且合规：
- 若建设的小区是用于村民自住，且村委会在建设过程中严格遵循了宅基地管理的相关规定，如宅基地的申请、面积标准等，并确保了房屋分配的公平、公正、公开，那么这种建设行为同样合法。
违法情况：
- 未经合法审批擅自建设：如果村书记未按照法律规定办理相关审批手续，就擅自占用土地进行小区建设，这构成违法行为。
- 改变土地用途违规建设：若村委会擅自改变了土地用途进行小区建设，如将农用地、林地等直接用于建设，而未办理任何审批手续，这也是违法的。
- 违反城乡规划要求建设：即使办理了部分审批手续，但如果小区建设不符合城乡规划的要求，如在生态保护红线范围内建设或影响村庄整体规划和发展布局，同样构成违法行为。
二、处理措施
确认违法性：
- 首先，需要确认村书记（或村委会）的建设行为是否确实违法。这可以通过向当地的自然资源主管部门或乡镇政府咨询，或者查阅相关法律法规和规划文件来确认。
报告相关部门：
- 如果确认存在违法行为，应立即向当地的自然资源主管部门、城乡规划部门或乡镇政府报告。这些部门有权对违法行为进行调查，并根据情况采取相应的法律措施。
配合调查与整改：
- 在相关部门进行调查时，应积极配合，提供必要的资料和证据。如果违法行为被确认，应根据相关部门的整改要求，及时采取措施进行整改，如停止建设、拆除违法建筑物等。
追究法律责任：
- 对于严重的违法行为，相关部门有权追究相关责任人的法律责任，包括但不限于行政处罚、刑事责任等。
三、建议与预防
- 增强法律意识：村委会和村书记应增强法律意识，确保所有建设行为均符合法律法规和规划要求。
- 完善审批流程：在建设小区前，应依法办理所有必要的审批手续，确保建设行为的合法性。
- 加强监管与自查：相关部门应加强对村委会建设行为的监管，同时村委会也应定期进行自查，及时发现并纠正违法行为。
综上所述，村书记把房建在小区是否违法，取决于其建设行为是否符合法律法规和规划要求。如果存在违法行为，应及时向相关部门报告并配合调查与整改。同时，村委会和村书记应增强法律意识，确保建设行为的合法性。