针对“村书记有违章建筑怎么处理”的问题，我们可以从以下几个方面来详细解答：

一、违章建筑的认定与处理原则

违章建筑，通常指的是未依法取得乡村建设规划许可证、建设工程规划许可证，在农用地或者农村建设用地上擅自兴建的各种建筑物。对于这类建筑，相关部门将依法责令限期拆除，并可能面临拆除、没收及罚款等处罚。这一处理原则同样适用于村书记或其他任何村民的违章建筑。

二、具体处理流程

1. 初步调查与劝阻

   • 村书记在发现或接到违建举报后，应立即组织人员进行现场核实，详细了解违建情况。
   • 向违建村民（包括村书记本人，若其涉及违建）宣传相关法律法规，明确告知违建行为的非法性及可能面临的法律后果。
   • 劝阻违建行为，要求立即停止施工，并指出违建对村庄规划、公共安全等的不良影响。

2. 向上级报告与协助调查

   • 若村民（或村书记）不听劝阻，继续违建，村书记应迅速向上级政府部门报告情况，包括违建的具体位置、规模、类型以及前期沟通劝阻的效果等。
   • 配合上级部门对违建情况进行进一步调查核实，提供相关信息和证据。

3. 配合执法与后续监管

   • 根据上级部门的调查结果和整改要求，村书记需积极向违建村民传达这些要求，并监督其按时完成整改。
   • 若村民（或村书记）拒不执行整改要求，上级部门决定强制拆除时，村书记需协助做好相关工作，如解释工作、维护现场秩序等。
   • 整改完成后，村书记应再次检查整改效果，并将整改情况及时反馈给上级部门。

三、特别注意事项

• 公正公平：在处理违建问题时，村书记应严格遵循法律法规和相关政策的要求，做到公正、公平、公开，不偏袒任何一方。
• 沟通与交流：注重与村民的沟通和交流，争取他们的理解和支持，共同维护村庄的良好规划和建设秩序。
• 长效管理机制：建立健全村庄的日常巡查制度，加强宣传教育，完善村庄规划，从源头上规范建设行为，减少违建现象的发生。

四、违建当事人的救济途径

违建当事人在面对行政处罚时，也享有相应的救济途径。例如，在行政主管机关正式定性为违法建筑之前，违建应受到法律保护；违建的拆除必须遵循法定程序，违建所有权人有权要求拆除单位按照法律程序进行拆除，并有权申请复议等。

综上所述，对于村书记的违章建筑问题，应严格按照法律法规和相关政策进行处理，确保整个处理过程既合法又有效。同时，通过加强日常巡查、宣传教育和完善村庄规划等措施，建立长效管理机制，共同维护村庄的良好规划和建设秩序。