结论：在农村公路排水导致房屋损毁的情况下，起诉对象的选择需根据具体情况判断，可能是乡镇政府，也可能是公路管理机构（如公路段），甚至可能涉及两者共同责任。以下从不同角度进行分析：
一、责任主体分析
乡镇政府责任：
- 管理职责：乡镇政府通常负责本行政区域内的农村公路建设、养护和管理工作。如果公路排水系统设计、建设或维护不当，导致房屋损毁，且该行为与乡镇政府的管理职责直接相关，那么乡镇政府可能成为责任主体。
- 行政行为：若乡镇政府在公路排水系统的规划、审批或执行过程中存在过错，如未按规定进行环境影响评价、未采取必要的防护措施等，导致房屋损毁，乡镇政府应承担相应的行政责任或民事责任。
公路管理机构责任：
- 专业管理：公路管理机构（如公路段）通常负责公路的具体养护和管理工作。如果房屋损毁是由于公路排水系统维护不当、堵塞或设计缺陷等直接原因造成的，且该责任应由公路管理机构承担，那么公路管理机构可能成为责任主体。
- 合同关系：如果公路管理机构与第三方（如施工队、维护公司）签订了相关合同，且房屋损毁是由于第三方违约或过错造成的，公路管理机构在承担责任后，有权向第三方追偿。但在此情况下，房屋所有者仍可直接起诉公路管理机构。
共同责任：
- 多因一果：如果房屋损毁是由乡镇政府和公路管理机构的共同行为或疏忽造成的，如乡镇政府未提供必要的支持或监督，而公路管理机构未履行维护职责，两者可能构成共同侵权，需承担连带责任。
二、起诉策略建议
收集证据：
- 现场照片：拍摄房屋损毁的现场照片，展示排水系统的问题和房屋受损情况。
- 证人证言：寻找目击者或邻居，获取他们的证言，证明房屋损毁与公路排水系统有关。
- 专业评估：聘请专业机构对房屋损毁原因进行评估，出具评估报告，作为起诉的重要证据。
确定起诉对象：
- 初步判断：根据上述责任主体分析，初步判断可能的起诉对象。
- 咨询律师：在起诉前，咨询专业律师（如我），对案件进行全面评估，确定最合适的起诉对象。
起诉准备：
- 撰写诉状：根据起诉对象和案件事实，撰写详细的诉状，明确诉讼请求和事实理由。
- 准备证据：整理并提交所有收集到的证据，包括照片、证言、评估报告等。
- 了解程序：熟悉民事诉讼程序，包括起诉、受理、审理、判决等阶段，确保诉讼顺利进行。
三、可能面临的法律后果
赔偿损失：
- 如果起诉成功，被告（乡镇政府或公路管理机构）可能需要赔偿房屋所有者的经济损失，包括房屋修复费用、搬迁费用等。
行政责任：
- 如果涉及乡镇政府的行政行为过错，相关责任人可能面临行政处分或行政处罚。
社会影响：
- 此类案件可能引发社会关注，对被告的声誉和形象造成一定影响。因此，被告可能更倾向于通过和解或调解解决纠纷。
最后建议：在处理此类案件时，务必保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。