结论：收到安置补偿申请书之日起已逾二个月才书面答复，若该答复行为本身符合法定程序和要求，则逾期答复并不影响行政行为的效力，但可能涉及程序瑕疵或违法；若答复行为本身存在违法或不当，则逾期答复可能进一步加重其违法性。具体分析如下：
一、逾期答复的法律性质
程序瑕疵与违法性：
- 根据《中华人民共和国行政许可法》及相关行政法规，行政机关在收到申请后，应在法定期限内作出答复。若逾期答复，首先构成程序上的瑕疵。
- 程序瑕疵是否导致行政行为违法，需结合具体法律法规及案件情况判断。若法律法规明确规定了答复期限，且逾期答复未给出合理理由，则可能构成程序违法。
答复内容的合法性：
- 逾期答复本身并不直接决定答复内容的合法性。答复内容是否合法，需根据具体法律法规、政策及案件事实进行判断。
- 若答复内容合法，即使逾期答复，该行政行为在实体上仍可能有效，但程序上的瑕疵可能影响其公信力或导致被撤销、确认违法等后果。
二、逾期答复的法律后果
对行政相对人的影响：
- 行政相对人可能因逾期答复而遭受损失，如错过其他救济途径、增加维权成本等。
- 行政相对人有权根据法律法规规定，对逾期答复行为提出异议、申请行政复议或提起行政诉讼。
对行政机关的影响：
- 逾期答复可能损害行政机关的公信力，降低其在公众中的形象。
- 若逾期答复被认定为程序违法，行政机关可能面临被撤销、确认违法等法律后果，并需承担相应的赔偿责任。
三、具体情境下的分析
若答复行为本身合法：
- 即使逾期答复，若答复内容符合法律法规及政策要求，且行政机关能给出合理理由（如不可抗力、内部审批流程复杂等），则该行政行为在实体上仍可能有效。
- 但行政相对人仍有权对逾期答复行为提出异议，要求行政机关说明理由或承担相应责任。
若答复行为本身违法：
- 逾期答复可能进一步加重其违法性。例如，若答复内容违反法律法规或政策要求，且逾期答复未给出合理理由，则该行政行为在实体和程序上均可能违法。
- 行政相对人有权申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销或确认该行政行为违法，并寻求相应的赔偿。
四、建议与措施
对行政相对人的建议：
- 若认为行政机关逾期答复且答复内容违法或不当，应及时咨询专业律师，了解自身权益及维权途径。
- 可根据法律法规规定，向行政机关提出异议、申请行政复议或提起行政诉讼。
对行政机关的建议：
- 应严格遵守法律法规规定的答复期限，确保程序合法。
- 若因特殊原因无法按时答复，应及时向行政相对人说明理由，并尽快作出答复。
- 应加强对行政人员的培训和管理，提高行政效率和服务质量。
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