结论：公司无权擅自查询员工的出入境记录，这属于员工个人隐私信息，受到法律的严格保护。只有在特定情况下，且依据法定程序，公司才有可能获取此类信息。
法律背景与依据
- 《中华人民共和国民法典》：
- 第一百一十条明确规定自然人享有隐私权。员工的出入境记录作为其个人隐私的一部分，同样受到法律的保护。
- 第一百一十一条强调任何组织或个人需依法取得并确保个人信息的安全，禁止非法收集、使用、加工、传输他人个人信息。公司的未经授权的查询行为将违反这一规定。
公司查询员工出入境记录的限制与条件
特定国家机关的查询权限：
- 如公安机关出入境管理机构等，在履行法定职责过程中，有权依据法定程序和权限查询相关人员的出入境记录。但这并不包括公司，公司无权直接查询。
公司查询的限制：
- 公司在日常经营管理中并无查询员工出入境记录的权力。若未经员工明确授权或缺乏法定依据进行查询，将构成对员工隐私权的侵犯。
合法获取员工出入境记录的途径
员工自愿提供：
- 公司可与员工协商，由员工自愿提供出入境记录。在此过程中，公司应确保信息的妥善保管和保密性，避免信息泄露。
依法申请查询（对公司而言通常不适用）：
- 尽管某些情况下可能存在依法申请查询的途径，但对于公司而言，这通常需要极其特殊的理由和严格的审批程序，且并非公司常规经营中的可行做法。
特定情形下的查询可能性
虽然公司无权擅自查询员工出入境记录，但在某些特定情形下，如涉及国家安全或保密工作、涉外业务岗位、背景调查与尽职调查、合规性审查与安全考虑、内部政策与管理以及调查违规违纪与法律诉讼等，公司可能需要在严格遵循法律法规和隐私保护原则的前提下，通过合法途径获取相关信息。然而，这些情形均需要严格的法律程序和授权，且并非公司常规操作。
法律责任与后果
- 若公司擅自查询员工出入境记录，员工有权要求公司停止侵权行为，并可依法追究公司的赔偿责任。
- 公司应尊重员工的隐私权和个人信息保护，遵守相关法律法规，通过合法、正当的途径获取所需信息。
建议：作为公司，应严格遵守法律法规，尊重和保护员工的个人隐私权益。如需获取员工出入境记录等相关信息，应通过合法、正当的途径进行，并确保信息的妥善保管和保密性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。