结论：车子已经还清贷款但绿本（机动车登记证书）一直没拿回来，确实可能产生一定影响，主要体现在车辆过户、抵押、转让等手续办理上受限，以及可能存在的法律风险。以下是对此问题的详细分析：
一、绿本的重要性
绿本，即机动车登记证书，是车辆所有权的法律证明文件。它记录了车辆的基本信息、所有权变更情况、抵押情况等重要信息。在车辆交易、过户、抵押等过程中，绿本都是必不可少的法律文件。
二、未拿回绿本的可能影响
车辆过户受限：
- 如果您打算将车辆出售或过户给他人，没有绿本将无法完成过户手续。因为过户需要核对车辆的所有权信息，而绿本是最直接、最权威的证明。
抵押、质押受限：
- 如果您需要用车辆作为抵押物或质押物进行贷款或其他金融交易，没有绿本将无法办理相关手续。因为金融机构需要确认车辆的所有权情况，以确保其权益不受损害。
法律风险：
- 如果绿本被贷款机构或他人非法持有，可能存在被冒用、伪造等风险。这可能导致您面临不必要的法律纠纷和经济损失。例如，如果有人利用您的绿本进行非法车辆交易或抵押，您可能需要承担相应的法律责任。
三、应对措施
及时联系贷款机构：
- 您应尽快联系贷款机构，了解绿本的具体情况，并要求其尽快归还绿本。如果贷款机构已经将绿本遗失或损坏，您应要求其出具相关证明，并协助您补办绿本。
补办绿本：
- 如果无法从贷款机构处拿回绿本，您可以向当地车辆管理所申请补办。补办绿本需要提供相关证明材料，如身份证、行驶证等，并缴纳一定的工本费。
加强法律意识：
- 在未来的车辆交易、过户、抵押等过程中，您应更加注意保护自己的绿本和其他重要法律文件，避免被他人非法持有或冒用。
四、法律建议
- 保留相关证据：在联系贷款机构或补办绿本的过程中，您应保留好所有相关的沟通记录、证明材料等，以备不时之需。
- 咨询专业律师：如果您在拿回绿本或补办绿本的过程中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询。我可以根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
总结：车子已经还清贷款但绿本一直没拿回来确实可能产生一定影响。为了保障自己的权益和避免不必要的法律风险，您应尽快联系贷款机构拿回绿本或补办绿本，并在未来的车辆交易、过户、抵押等过程中加强法律意识，保护好自己的重要法律文件。如有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。