结论：施工协议中承建方只有挂靠公司盖章、只有挂靠人在协议上签字，该协议的效力需分情况讨论，对承包方而言，可能面临合同无效、承担连带责任等风险。
详细分析：
协议效力问题：
- 有效情形：如果挂靠公司明确授权挂靠人代表公司签订施工协议，或者挂靠公司事后对挂靠人的签字行为进行了追认，那么该施工协议对挂靠公司具有约束力，是有效的。这种情况下，承包方可以依据协议要求挂靠公司履行合同义务。
- 无效情形：如果挂靠公司并未授权挂靠人签订施工协议，且事后也未进行追认，同时挂靠人也不具备代表挂靠公司签订合同的资格或权限，那么该施工协议可能因缺乏挂靠公司的真实意思表示而被认定为无效。此时，承包方可能无法直接依据协议要求挂靠公司承担责任。
对承包方的风险：
- 合同无效风险：如上述分析，若协议被认定为无效，承包方可能无法按照原协议约定获得工程款、违约金等权益，甚至可能因合同无效而承担一定的损失。
- 连带责任风险：在挂靠关系中，如果挂靠人以被挂靠人的名义对外签订合同，且被挂靠人知道或应当知道该挂靠行为而未作反对表示的，被挂靠人（即挂靠公司）与挂靠人可能对第三人（即承包方）承担连带责任。这意味着，如果挂靠人无法履行合同义务或造成承包方损失，承包方有权要求挂靠公司承担连带赔偿责任。
- 诉讼风险：在协议效力存疑或存在纠纷的情况下，承包方可能需要通过诉讼等法律途径来维护自己的权益。这不仅会增加承包方的诉讼成本和时间成本，还可能因诉讼结果的不确定性而面临一定的风险。
法律建议：
- 审查授权文件：在签订施工协议前，承包方应仔细审查挂靠公司对挂靠人的授权文件，确保挂靠人具备代表挂靠公司签订合同的资格和权限。
- 明确合同条款：在施工协议中明确约定双方的权利义务、违约责任等条款，以便在发生纠纷时能够依据协议约定进行维权。
- 保留证据：在合同履行过程中，承包方应妥善保留与合同履行相关的证据材料，如工程进度款支付凭证、工程变更单等，以便在发生纠纷时能够提供充分的证据支持自己的主张。
- 及时咨询律师：如果承包方对施工协议的效力或履行过程中存在的问题存在疑虑或担忧，应及时咨询专业律师的意见和建议，以便及时采取措施维护自己的权益。
后续行动建议：
- 如果承包方已经签订了此类施工协议且担心其效力问题，建议尽快与挂靠公司沟通确认协议的效力，并考虑是否需要补充签订相关协议或文件以明确双方的权利义务。
- 如果承包方在合同履行过程中遇到了纠纷或问题，建议及时收集相关证据材料并咨询专业律师的意见和建议，以便及时采取措施维护自己的权益。
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