结论：纪委能否在工程未结算完毕且违规经商存在盈利的情况下结案，取决于多种因素，包括违规经商行为的性质、严重程度、证据的充分性以及纪委的调查程序等，不能一概而论。以下从多个角度进行详细分析：

1. 违规经商行为的性质与严重程度：

   • 纪委在处理违规经商问题时，首先会评估该行为的性质。如果违规经商行为严重违反了党纪国法，如涉及贪污腐败、利益输送等，那么纪委很可能会深入调查，并根据调查结果决定是否结案。
   • 如果违规经商行为虽然存在，但性质相对较轻，且没有造成严重的社会影响或经济损失，纪委可能会根据具体情况，考虑给予相应的党纪处分或行政处罚，并视情况决定是否结案。

2. 证据的充分性：

   • 纪委在结案前，必须确保有充分的证据支持其调查结论。这包括违规经商的交易记录、财务凭证、证人证言等。
   • 如果证据不足或存在疑点，纪委可能会继续调查，以获取更多证据，或者将案件移交至其他相关部门进行进一步处理。

3. 纪委的调查程序：

   • 纪委在调查违规经商问题时，会遵循一定的程序，包括初步核实、立案审查、调查取证、审理等。
   • 在每个阶段，纪委都会根据调查进展和证据情况，评估是否可以继续推进案件或结案。如果工程未结算完毕，但纪委已经掌握了足够的证据来证明违规经商行为的存在和性质，那么纪委可能会根据程序决定结案。

4. 工程结算情况的影响：

   • 工程未结算完毕本身并不直接影响纪委的结案决定。然而，如果工程结算情况与违规经商行为存在关联，如通过违规经商来操纵工程结算等，那么纪委可能会将工程结算情况作为调查的一部分，并据此评估违规经商行为的严重性和影响。
   • 如果工程结算情况复杂或存在争议，纪委可能会等待工程结算完成后再进行最终处理，以确保调查的全面性和准确性。

法律建议：

• 如果您或您所在单位涉及违规经商问题，且工程尚未结算完毕，建议积极配合纪委的调查工作，提供真实、完整的证据和信息。
• 同时，您可以咨询专业律师（即我，张正强律师，专注于知识产权、合同纠纷、公司事务、侵权纠纷领域），了解您的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。
• 在处理此类问题时，务必保持谨慎和合规，避免进一步加重违规行为的性质或扩大其影响。

可能后果：

• 如果纪委最终认定违规经商行为成立，您或您所在单位可能会面临党纪处分、行政处罚甚至刑事责任等后果。
• 这些后果的严重程度将取决于违规经商行为的性质、严重程度以及造成的社会影响或经济损失等因素。