结论：在房屋买卖纠纷案件中，可以以质疑案件第三人买房人资金来源为由申请调查令调查其流水，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下从不同角度详细分析：

一、申请调查令的法律依据与条件

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条：“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。”
   • 在房屋买卖纠纷中，若买房人的资金来源成为争议焦点，且该资金来源可能影响合同效力、房屋所有权归属等核心问题，则属于“审理案件需要的证据”范畴。

2. 申请条件：

   • 必要性：申请人需证明调查买房人资金来源是查明案件事实、维护自身合法权益所必需的。
   • 合法性：申请调查的内容需合法，不得侵犯他人隐私或违反法律法规的禁止性规定。
   • 关联性：调查的内容需与案件具有直接关联性，能够影响案件的判决结果。

二、申请调查令的具体流程

1. 提交申请：

   • 申请人需向审理案件的人民法院提交书面申请，明确说明申请调查令的目的、理由、调查对象及调查内容。
   • 附上相关证据材料，如合同、付款凭证等，以证明调查的必要性。

2. 法院审查：

   • 法院将对申请进行审查，判断是否符合申请条件。
   • 若法院认为申请合理且必要，将签发调查令，并指定调查的范围和期限。

3. 执行调查：

   • 申请人或其诉讼代理人持调查令前往相关金融机构（如银行）进行调查。
   • 金融机构需配合调查，提供买房人的资金流水等相关信息。

三、可能遇到的挑战与应对策略

1. 隐私保护问题：

   • 挑战：买房人可能以隐私保护为由拒绝提供资金流水。
   • 应对策略：强调调查的合法性和必要性，说明调查是为了维护公共利益或解决法律纠纷，且调查内容将严格保密，不会泄露给无关第三方。

2. 金融机构配合问题：

   • 挑战：部分金融机构可能因内部规定或技术原因拒绝配合调查。
   • 应对策略：与金融机构沟通，说明调查令的法律效力，必要时可请求法院协助执行。若金融机构仍不配合，可向法院申请强制执行。

3. 证据效力问题：

   • 挑战：即使获得了买房人的资金流水，也可能因证据形式、来源等问题被法院排除。
   • 应对策略：确保调查过程合法合规，收集到的证据需真实、完整、关联性强。在提交证据时，附上调查令、金融机构的回执等证明材料，以增强证据的效力。

四、法律建议

1. 提前准备：

   • 在申请调查令前，尽可能收集与买房人资金来源相关的线索和证据，如合同、付款凭证、聊天记录等。
   • 对可能遇到的挑战进行预判，并制定相应的应对策略。

2. 专业协助：

   • 考虑聘请专业律师协助申请调查令和执行调查，以确保程序的合法性和有效性。
   • 律师可以提供专业的法律意见和指导，帮助申请人更好地维护自身权益。

3. 尊重法律程序：

   • 在申请和执行调查令的过程中，需严格遵守法律程序和规定。
   • 不得采取非法手段获取证据或侵犯他人合法权益。

如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。