结论：企业员工在上班途中发生交通事故并申请工伤，对单位的影响主要体现在经济负担、管理成本增加以及可能的法律责任方面，但单位也需履行相应义务，且员工申请工伤并不必然导致单位承担不利后果。以下从多个角度详细分析：
一、经济负担方面
工伤保险赔付：
- 若单位已为员工缴纳工伤保险，那么员工因工伤产生的医疗费用、康复费用、一次性伤残补助金等，将由工伤保险基金支付，单位无需承担这部分费用。
- 但若单位未依法缴纳工伤保险，根据《工伤保险条例》第六十二条，所有工伤保险待遇将由单位自行承担，这无疑会增加单位的经济负担。
停工留薪期工资：
- 员工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由单位按月支付。这意味着，即使员工因工伤无法工作，单位仍需支付其工资，这会增加单位的短期人力成本。
二、管理成本增加
工伤认定流程：
- 员工申请工伤后，单位需配合提供相关材料，如劳动合同、事故报告等，以协助完成工伤认定流程。这会增加单位的人力资源管理成本。
- 若单位对工伤认定有异议，还需在规定时间内提出行政复议或行政诉讼，这进一步增加了单位的管理成本和时间成本。
员工关系管理：
- 工伤事故可能引发员工与单位之间的矛盾，如员工对工伤认定结果不满、对赔偿金额有异议等。单位需妥善处理这些矛盾，以维护良好的员工关系，避免影响正常生产经营。
三、可能的法律责任
未缴纳工伤保险的法律责任：
- 如前所述，若单位未依法为员工缴纳工伤保险，将承担所有工伤保险待遇的支付责任。此外，根据《社会保险法》第八十六条，单位还可能面临滞纳金和罚款等行政处罚。
违反安全规定的法律责任：
- 若工伤事故是由于单位违反安全生产规定或未提供必要的安全防护措施导致的，单位还可能面临安全生产监管部门的处罚，甚至可能承担刑事责任（如重大责任事故罪）。
四、单位需履行的义务
及时救治义务：
- 员工发生工伤后，单位有义务及时将其送往医疗机构救治，并垫付医疗费用。
申报工伤义务：
- 单位应在员工发生工伤或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。若单位未按时提出申请，员工或其近亲属、工会组织可在1年内直接提出申请，且在此期间发生的符合规定的工伤待遇等有关费用，将由单位负担。
五、对单位的长远影响
- 声誉影响：工伤事故的发生可能影响单位的声誉，尤其是当事故是由于单位管理不善或违反安全规定导致时。这可能影响单位与合作伙伴的关系、客户信任度以及未来的人才招聘。
- 预防成本投入：为了避免类似事故再次发生，单位可能需要投入更多资源用于安全生产培训、设备更新、安全管理制度完善等方面，这虽然会增加短期成本，但有助于降低长期风险。
建议：单位应依法为员工缴纳工伤保险，加强安全生产管理，完善员工安全防护措施，以降低工伤事故的发生概率。同时，在员工发生工伤后，单位应积极配合处理，履行相应义务，以维护良好的员工关系和单位声誉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。