结论：政府项目合同中写明“上级资金到位后拨付预付款”这一条款，其合法性需结合具体情况分析，但一般来说，只要该条款不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，该条款是合法的。不过，这也可能带来一些潜在风险和问题，需要合同双方谨慎考虑。
分析说明：
合法性基础：
- 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方有权在平等、自愿的基础上协商确定合同内容，包括付款条件。因此，只要双方意思表示真实，且不违反法律法规的强制性规定，合同中的付款条款就是合法的。
- 不违反法律法规：该条款本身并不直接违反任何法律法规的强制性规定。它只是设定了一个付款的前提条件，即上级资金到位。只要这个条件不是用来规避法律责任或损害第三方利益，就是合法的。
潜在风险与问题：
- 资金到位的不确定性：上级资金到位可能受到多种因素的影响，如政策变化、财政状况等。如果资金长时间不到位，可能导致合同无法按时履行，给双方带来损失。
- 付款延迟的风险：即使上级资金最终到位，也可能因为各种原因（如审批流程、资金调配等）导致付款延迟。这可能会影响承包方的资金周转和项目进度。
- 合同解释与争议：如果合同中没有明确约定上级资金到位的具体标准、时间限制等，可能在资金到位问题上产生争议。例如，什么是“到位”？是资金到账还是只是获得批准？这些都需要在合同中明确约定。
建议与措施：
- 明确约定：在合同中明确约定上级资金到位的具体标准、时间限制以及未能按时到位的违约责任等。这样可以减少争议和风险。
- 风险评估：在签订合同前，双方应对上级资金到位的风险进行充分评估，并考虑采取相应的风险防范措施，如要求提供担保、设置违约金等。
- 法律咨询：在签订合同前，建议双方咨询专业律师，确保合同条款的合法性和有效性，并了解可能存在的法律风险和后果。
后续行动建议：
- 如果您是承包方，在签订合同时应仔细审查付款条款，确保上级资金到位的时间、标准等明确无误，并考虑设置相应的违约责任条款以保障自身权益。
- 如果您是发包方，同样应确保付款条款的合法性和合理性，避免因为资金问题导致合同无法履行或产生争议。
- 在任何情况下，如果双方对合同条款存在疑问或争议，都应及时咨询专业律师以获取法律建议和支持。
如有任何其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会尽力为您提供帮助。