结论前置：新公司法下，对于违反程序的股东会决议，股东通常需在决议作出之日起六十日内请求人民法院撤销，但特殊情形下起算时间有所不同，且受到一年最长期限的限制。
一、基本期限与起算
根据《中华人民共和国公司法》第二十六条的规定，若股东会或股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或公司章程，或决议内容违反公司章程，股东有权在决议作出之日起六十日内向人民法院提出撤销请求。这一期限为除斥期间，不适用诉讼时效的中止、中断和延长规定。
- 起算点明确：对于一般股东，该六十日自决议正式作出并通知股东之日起计算。例如，如果股东会决议在2023年1月1日作出，并在1月5日通知了所有股东，那么股东需在2023年3月5日之前向人民法院提出撤销请求。
二、特殊情形下的期限
未被通知股东的期限：
- 对于因未接到通知而未能参加股东会的股东，其撤销权的行使期限从知道或应当知道决议作出之日起计算，同样为六十日。此规定保护了因信息不对称而处于不利地位的股东权益。例如，如果股东在2023年2月1日才得知股东会决议已作出，那么该股东需在2023年4月1日之前向人民法院提出撤销请求。
合理期间的考量：
- 在极特殊情况下，如股东因客观原因（如被限制人身自由、无法获取决议信息等）无法在规定期限内行使撤销权，法院可能会根据具体情况判断是否给予适当救济，但这需要股东提供充分证据，并由法院谨慎权衡后决定。
三、最长期限与稳定性保障
为确保公司经营管理的稳定性和决议的确定性，法律规定了撤销权的最长期限。即，无论何种情况，自决议作出之日起一年内，如果股东未行使撤销权，则该权利消灭。这一规定旨在平衡股东权利与公司运营的需要，避免决议长期处于不确定状态。例如，如果股东会决议在2023年1月1日作出，那么最晚在2024年1月1日之前，股东必须行使撤销权，否则该权利将消灭。
四、注意事项与实践指导
- 撤销前提：股东在行使撤销权时，必须确保决议存在可撤销的情形，如会议召集程序、表决方式或决议内容的违法违规。如果决议内容仅违反公司章程，但未违反法律、行政法规，股东同样有权请求撤销。
- 及时关注：股东应密切关注公司的经营动态和股东会决议情况，以便在法定期限内有效行使自己的权利。如果股东因疏忽或不知情而错过了撤销期限，将可能丧失撤销决议的机会。
- 后续处理：如果股东会决议已办理变更登记，而在后续被人民法院宣告无效或撤销，公司需及时向公司登记机关申请撤销相应的变更登记，以恢复公司的合法状态。
五、法律后果
- 决议自始无效：一旦股东会决议被人民法院撤销，该决议自始没有法律约束力。这意味着，从决议作出之日起，该决议就不应被执行或产生任何法律效果。
- 重新处理相关事项：公司应当根据法院的判决，对相关事项进行重新处理，包括重新召开股东会会议并作出新的决议。这有助于确保公司决策的合法性和合规性。
综上所述，新公司法下对于违反程序的股东会决议的撤销期限是一个综合考量多方面因素的法律问题。股东在行使撤销权时，应充分了解相关法律规定，并在法定期限内采取行动，以确保自身权利的实现和公司治理的规范。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。