在刑事诉讼程序中，对于第三人善意取得的财物，原则上不予扣押，以保护交易安全和第三人的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与善意取得制度
法律依据：
- 《最高人民法院、最高人民检察院关于办理诈骗刑事案件具体应用法律若干问题的解释》及《最高人民法院关于刑事裁判涉财产部分执行的若干规定》均明确规定，第三人善意取得涉案财物的，不予追缴。
- 《中华人民共和国民法典》第三百一十一条也确立了善意取得制度，为处理此类问题提供了民事法律基础。该条款规定，无处分权人将不动产或者动产转让给受让人的，所有权人有权追回；但除法律另有规定外，如果受让人在受让该不动产或者动产时是善意的，以合理的价格转让，并且转让的不动产或者动产依照法律规定应当登记的已经登记，不需要登记的已经交付给受让人，那么受让人就取得该不动产或者动产的所有权。
善意取得的适用条件：
- 善意：第三人不知道也不应当知道所取得的财物是涉案财物，即主观上无恶意。
- 合理价格：第三人必须是以合理的价格取得该财物，交易价格与市场价值相符。
- 所有权转移：转让的不动产或动产必须已经依照法律规定完成了所有权的转移，对于动产通常意味着交付，对于不动产则需要完成登记手续。
二、具体处理方式
判断第三人是否构成善意取得：
- 结合上述三个条件，对第三人的取得行为进行综合判断。若满足所有条件，则认定为善意取得。
若构成善意取得：
- 在刑事追赃过程中，一般不对善意取得的第三人手中的涉案财物进行扣押或追缴。
- 被害人如果认为该财物原本属于自己，其对该涉案财物主张权利的，应当通过民事诉讼等诉讼程序来解决与善意第三人之间的纠纷。
若不构成善意取得：
- 如果第三人不符合善意取得的构成要件，如明知是赃物仍接受、无偿取得或以明显不合理低价取得等，司法机关有权依法对涉案财物进行扣押或追缴。
- 扣押或追缴过程中应遵循法定程序，保障第三人的合法权益，如给予陈述、申辩等权利。
三、原所有权人的救济途径
虽然善意取得制度保护了善意第三人的权益，但原所有权人仍然有权向无处分权人（即犯罪分子）请求损害赔偿，以维护自身权益。这是通过民事诉讼程序来实现的，原所有权人可以提起民事诉讼，要求犯罪分子赔偿因其违法行为所造成的损失。
四、司法实践中的案例支持
在司法实践中，已有多个案例支持了第三人善意取得涉案财物不予扣押或追缴的原则。这些案例不仅体现了法律对交易安全和第三人合法权益的保护，也为处理类似问题提供了有益的参考。
总结与建议：
在刑事诉讼程序中，对于第三人善意取得的财物，应严格依据法律法规和善意取得制度进行判断与处理。如果第三人构成善意取得，那么其手中的涉案财物一般不予扣押或追缴；如果不构成善意取得，则司法机关有权依法进行扣押或追缴。同时，原所有权人仍然有权通过民事诉讼程序来维护自己的合法权益。如果您在刑事诉讼程序中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。