存在合同争议的情况下，是否能按合同办理采伐证，需分情况讨论：

1. 合同本身合法有效且争议不影响采伐条款履行
   若合同内容符合《森林法》《民法典》等法律法规，且争议仅涉及合同部分条款（如付款方式、违约责任等），而采伐许可的办理条件（如林权归属、采伐限额、作业设计等）已满足，则可以按合同约定申请办理采伐证。此时，行政机关主要审查采伐的合法性，合同争议不影响行政许可的独立性。

2. 合同存在无效或可撤销情形
   若合同因违反法律强制性规定（如未取得林权证即签订采伐合同）、恶意串通损害国家利益、或存在欺诈、胁迫等情形被认定无效或可撤销，则合同中关于采伐的条款自始无效，无法作为办理采伐证的依据。此时需先通过诉讼或仲裁确认合同效力，再根据结果处理采伐事宜。

3. 合同争议涉及采伐权归属
   若争议焦点为“谁有权申请采伐证”（如合作造林合同中双方对采伐收益分配有分歧），则需先通过协商、调解或诉讼明确权利归属。在权属争议解决前，行政机关通常会暂停采伐证审批，以避免后续纠纷。例如，《森林法》第五十六条规定，采伐林木需“取得林木采伐许可证”，而许可证的申请需以明确的林权为基础。

4. 行政机关的审查独立性
   即使合同有效，行政机关在审批采伐证时仍会独立审查以下内容：

   • 采伐是否符合森林经营方案或采伐限额；
     
   • 是否完成作业设计并公示；
     
   • 是否缴纳森林植被恢复费等。
     若合同内容与行政审查要求冲突（如超限额采伐），即使合同有约定，也无法获批采伐证。

法律建议：

• 若争议仅涉及合同履行细节（如付款时间），建议先与对方协商补充协议，明确采伐证办理的责任方和时间节点，避免影响行政审批进度。
  
• 若争议涉及合同效力或权属，建议立即通过诉讼或仲裁确认权利，同时向行政机关提交争议说明，申请“中止审批”或“听证程序”，避免因程序瑕疵导致许可失效。
  
• 办理采伐证时，务必确保合同条款与《森林法》《森林采伐作业规程》等规定一致，例如采伐方式、强度需符合生态保护要求。

示例：
甲与乙签订《林木转让合同》，约定甲将林地上的林木转让给乙采伐，但未明确采伐证办理责任。后甲以乙未付款为由拒绝协助办证。此时：

• 若合同未约定付款与办证的先后顺序，乙可依据《民法典》第五百二十六条主张“同时履行抗辩权”，要求甲配合办证；
  
• 若合同约定“乙付款后甲办证”，则乙需先履行付款义务，否则甲有权拒绝协助；
  
• 无论合同如何约定，乙均需独立向林业部门提交采伐申请，并满足采伐限额、作业设计等行政要求。

如有具体合同条款或争议细节，可进一步向我咨询，我会结合案情提供更精准的分析。