结论：政府采购合同中约定“缺口部分由乙方自筹”这一条款，在法律上并非绝对禁止，但需根据具体情况判断其合法性与合理性。以下从多个角度进行分析：

1. 合同自由原则：

   • 政府采购合同本质上仍属于合同范畴，受《中华人民共和国民法典》合同编的调整。根据合同自由原则，合同双方有权在平等、自愿的基础上协商确定合同内容，包括资金筹措方式。
   • 因此，如果双方协商一致，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益或第三人合法权益，那么“缺口部分由乙方自筹”的约定是有效的。

2. 政府采购的特殊性：

   • 政府采购不同于一般的民事采购，它涉及公共资金的使用和公共利益的维护。因此，政府采购合同在签订和履行过程中需遵循更严格的程序和规定。
   • 根据《中华人民共和国政府采购法》及相关规定，政府采购应当遵循公开透明、公平竞争、公正和诚实信用原则。如果“缺口部分由乙方自筹”的约定导致采购过程不透明、不公平或损害公共利益，那么该约定可能被视为违法或无效。

3. 资金筹措的合法性与合理性：

   • 乙方自筹资金的方式需合法合规，不能通过非法手段筹集资金。
   • 同时，自筹资金的比例和方式需合理，不能对乙方的财务状况造成过大压力，影响合同的履行。如果自筹资金导致乙方无法履行合同义务，那么该约定可能引发合同纠纷。

4. 合同条款的明确性与可操作性：

   • “缺口部分由乙方自筹”这一条款需明确具体，包括缺口部分的金额、自筹资金的时间节点、自筹资金的方式等。
   • 如果条款过于模糊或缺乏可操作性，可能导致双方在执行过程中产生争议。

法律建议：

• 在签订政府采购合同时，双方应充分协商并明确“缺口部分由乙方自筹”的具体条款和条件。
• 乙方应评估自身财务状况和自筹资金的能力，确保能够履行合同义务。
• 政府采购方应加强对合同履行过程的监督和管理，确保资金使用的合法性和合规性。

可能的法律后果：

• 如果“缺口部分由乙方自筹”的约定合法有效且得到双方履行，那么合同将顺利执行完毕。
• 如果该约定违法或无效，或者因自筹资金问题导致合同无法履行，那么双方可能面临合同纠纷、违约责任等法律后果。

如有更多关于政府采购合同或合同纠纷方面的疑问，可以直接向我咨询。