结论：商贸有限公司中，朋友想入股，双方是可以签订代持股份协议的，但需要注意协议内容合法合规，并充分考虑潜在的法律风险。

详细分析：

1. 代持股份协议的合法性：

   • 在商贸有限公司中，股东之间或股东与非股东之间签订代持股份协议，本质上是关于股权代持的约定。这种约定在法律上并不被禁止，只要协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，就是合法有效的。
   • 代持股份协议通常涉及股权的归属、代持人的权利与义务、实际出资人的权益保护等条款。在签订时，应明确这些条款，以确保协议的合法性和有效性。

2. 代持股份协议的法律风险：

   • 股权归属风险：虽然代持股份协议可以约定股权的实际归属，但在法律上，股权登记在谁名下，谁就被视为股东。因此，如果代持人擅自处分股权（如转让、质押等），实际出资人可能面临股权丧失的风险。
   • 税务风险：股权代持可能涉及税务问题，如代持人获得股权分红时需要缴纳个人所得税，而实际出资人可能希望这些收益直接归其所有。如果处理不当，可能引发税务纠纷。
   • 法律纠纷风险：如果代持股份协议的内容不明确或存在争议，可能引发股东之间的法律纠纷，甚至影响公司的正常运营。

3. 签订代持股份协议的建议：

   • 明确协议内容：在签订代持股份协议时，应明确股权的实际归属、代持人的权利与义务、实际出资人的权益保护、协议的变更与解除等条款。
   • 办理股权变更登记（如可能）：虽然股权代持本身不要求办理股权变更登记，但为了降低风险，实际出资人可以考虑与代持人协商，在适当的时候办理股权变更登记，将股权直接登记在实际出资人名下。
   • 咨询专业律师：由于股权代持涉及复杂的法律问题，建议在签订代持股份协议前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，并降低潜在的法律风险。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 如果商贸有限公司是上市公司或拟上市公司，股权代持可能受到更严格的监管限制。在这种情况下，应特别注意遵守相关法律法规和监管要求。
   • 如果代持股份涉及外资或特殊行业（如金融、电信等），可能需要获得相关部门的批准或备案。在签订代持股份协议前，应了解并遵守这些特殊规定。

总结与建议：商贸有限公司中朋友想入股并签订代持股份协议是可行的，但需要注意协议内容的合法合规性，并充分考虑潜在的法律风险。在签订协议前，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。