针对您提出的问题，即“医师有母婴保健资质但医院没有母婴保健资质时如何处罚”，我们可以从相关法律法规和实际案例中找到答案。
首先，需要明确的是，母婴保健技术服务是一项需要严格许可审批的医疗活动。根据《中华人民共和国母婴保健法实施办法》的相关规定，任何机构和个人在未取得母婴保健技术服务许可的情况下，都不得擅自开展相应的技术服务，这包括终止妊娠手术等母婴保健相关服务。
现在，我们具体分析您提到的情况：医师个人拥有母婴保健资质，但所在医院没有。在这种情况下，即使医师个人具备相关资质，由于医院整体未获得母婴保健技术服务的许可，因此医院和医师都不能擅自开展母婴保健技术服务。
对于处罚措施，我们可以参考实际案例中的处理方式。例如，在宁德蕉城时代医院未取得母婴保健技术许可擅自从事终止妊娠手术案中，医院被给予了警告、没收违法所得，并处以罚款的行政处罚。同时，在兰陵县某医院未取得母婴保健技术许可擅自开展终止妊娠手术案中，不仅医院受到了处罚，涉事医师也因个人行为受到了警告和罚款的行政处罚。
综合以上分析，如果医师有母婴保健资质但医院没有，而医院或医师擅自开展了母婴保健技术服务，那么医院和医师都可能面临以下处罚：
警告：作为初步的行政处罚，以提醒医院和医师注意其行为已经违法。
没收违法所得：如果医院或医师通过擅自开展母婴保健技术服务获得了经济收益，这部分收益将被没收。
罚款：根据违法行为的严重程度和造成的后果，医院和医师可能面临不同额度的罚款。罚款的数额会根据相关法律法规和地方卫生行政部门的自由裁量权来确定。
更严重的法律后果：在极端情况下，如果医院或医师的违法行为造成了严重后果，如患者健康受损或死亡，那么还可能面临更严重的法律后果，包括刑事责任。
因此，我建议您所在医院务必确保在获得母婴保健技术服务许可后再开展相关服务，同时医师个人也应严格遵守法律法规，不得在未获得许可的机构内擅自开展母婴保健技术服务。这样不仅可以避免法律风险，也是对患者健康负责的表现。