私吞工程尾款起诉后，罚息和违约金的计算需分情况讨论，具体如下：

1. 罚息的计算
   罚息通常基于合同约定或法律规定产生，核心依据是《民法典》第六百七十六条：“借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。”

   • 合同有约定：若合同明确约定了逾期付款的罚息标准（如日万分之五），则按合同约定计算。例如，尾款100万元，合同约定日罚息0.05%，逾期30天，罚息为100万×0.05%×30=1.5万元。
     
   • 合同无约定：可参照中国人民银行同期同类贷款利率或LPR（贷款市场报价利率）的1.5倍主张逾期利息。例如，逾期时LPR为3.85%，则罚息年利率为3.85%×1.5=5.775%，按实际逾期天数折算。

2. 违约金的计算
   违约金需以合同约定为前提，且需符合“补偿性为主、惩罚性为辅”的原则（《民法典》第五百八十五条）。

   • 合同有约定：若合同明确约定了违约金比例（如尾款的10%），则可按约定主张。例如，尾款100万元，违约金为100万×10%=10万元。但需注意，若违约金过高（超过实际损失的30%），对方可能请求法院调整。
     
   • 合同无约定：若合同未约定违约金，但因私吞尾款导致实际损失（如资金占用损失、再融资成本等），可主张赔偿实际损失，需提供证据（如银行贷款利息凭证、融资合同等）证明损失金额。

3. 罚息与违约金能否同时主张
   需结合合同约定和实际损失情况：

   • 若合同同时约定罚息和违约金：法院可能支持两者同时主张，但会审查总和是否过高。例如，罚息年利率15%+违约金10%，若实际损失仅为8%，法院可能调减违约金至3%，使总和不超过实际损失的30%。
     
   • 若合同未约定违约金，仅约定罚息：一般只能主张罚息，但若能证明罚息不足以覆盖实际损失（如罚息仅覆盖资金成本，未覆盖利润损失），可补充主张损失赔偿。

建议：

• 优先检查合同条款，明确罚息、违约金的约定及计算方式；
  
• 收集证据证明实际损失（如逾期付款期间的银行流水、融资合同等）；
  
• 若对方抗辩违约金过高，需提前准备损失计算依据，避免被调减。
  

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。