核心结论：第二次非法运输烟草的处理会依据具体情节，结合第一次的处罚记录综合判定，第一次与第二次是否合并处理需分情况讨论，具体如下：

1. 第一次与第二次是否合并处理？

• 若第一次处罚已执行完毕（如罚款、拘留等），第二次通常不会直接“合并”处理。行政处罚或刑事处罚均以每次违法行为为独立单位，但第二次处理时会将第一次的处罚记录作为“前科”或“情节加重”的参考依据。例如：
  • 若第一次被行政处罚（如罚款），第二次可能因“屡教不改”被从重处罚（如更高额罚款、吊销许可证）；
  • 若第一次构成犯罪（如非法经营罪），第二次可能被认定为“累犯”，在量刑时从重处罚。
• 若第一次处罚未执行完毕（如缓刑期间、未缴纳罚款），第二次可能触发更严厉的合并处理。例如：
  • 若第一次因非法运输烟草被判缓刑，第二次再犯可能撤销缓刑，与前罪数罪并罚；
  • 若第一次被责令停止违法行为但未执行，第二次可能被直接认定为“情节严重”，升级为刑事处罚。

2. 第二次非法运输烟草的具体处理方式

• 行政处罚层面：
  • 根据《烟草专卖法实施条例》第52条，非法运输烟草专卖品可能面临“没收违法所得、罚款（违法运输的烟草专卖品价值20%-50%）”等处罚；
  • 若第二次违法情节更严重（如数量巨大、暴力抗法），可能被吊销烟草专卖零售许可证，甚至行政拘留。
• 刑事处罚层面：
  • 若非法运输烟草价值达到5万元以上，或曾因非法经营烟草被处罚过两次以上，可能构成《刑法》第225条的“非法经营罪”，处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得1-5倍罚金；
  • 若第二次违法涉及“伪造、买卖许可证”“暴力阻碍执法”等情节，可能被认定为“情节特别严重”，处5年以上有期徒刑。

3. 关键影响因素

• 违法情节轻重：运输数量、价值、是否伪造证件、是否暴力抗法等；
• 主观恶性：是否明知故犯、是否有逃避处罚行为（如藏匿、伪造单据）；
• 社会危害性：是否导致烟草市场秩序严重混乱、是否引发其他违法犯罪。

4. 建议行动

• 立即停止违法行为，避免进一步扩大法律风险；
• 整理第一次处罚的书面材料（如处罚决定书、缴费凭证），以便在第二次处理时主张“从轻情节”（如已整改）；
• 若已被立案调查，尽快委托律师介入，通过法律程序争取减轻处罚（如主张“情节轻微”“立功表现”）。

总结：第二次非法运输烟草的处理不会简单“合并”第一次，但第一次的记录会显著影响第二次的处罚力度。具体后果需结合违法情节、主观恶性等综合判定，建议根据实际情况采取应对措施。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。