研发合同可以约定由第三方支付费用，但需满足一定条件并注意相关法律风险。以下从不同角度为你详细分析：

一、合同自由原则下的可能性

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。在研发合同中，双方当事人可以自由约定合同的内容，包括费用的支付方式。因此，从合同自由原则的角度出发，研发合同可以约定由第三方支付费用。这种约定通常出现在以下情形中：

1. 委托研发：一方委托另一方进行研发，但费用由第三方（如委托方的关联公司或合作伙伴）支付。
2. 合作研发：多方合作进行研发，其中一方或几方承担费用支付义务，但实际支付可能由第三方（如合作项目的赞助商或投资者）完成。
3. 特定安排：基于特定的商业安排或财务考虑，双方约定由第三方支付费用，如为了享受税收优惠或满足财务审计要求。

二、约定第三方支付费用的法律要点

虽然研发合同可以约定由第三方支付费用，但为了确保合同的有效性和可执行性，双方应注意以下法律要点：

1. 明确约定：在合同中应明确约定由第三方支付费用的条款，包括第三方的名称、支付方式、支付时间、支付金额等具体内容。
2. 第三方同意：确保第三方同意并确认该支付安排，最好以书面形式确认，以避免未来可能出现的纠纷。
3. 违约责任：明确约定如果第三方未能按时支付费用，应由哪一方承担违约责任，以及违约责任的承担方式。
4. 合同相对性：虽然约定了第三方支付费用，但研发合同的双方仍应明确各自的权利和义务，避免因第三方支付问题而影响合同的履行。

三、潜在的法律风险及防范

约定由第三方支付费用也可能带来一些潜在的法律风险，如第三方拒绝支付、支付延迟或支付不足等。为了防范这些风险，双方可以采取以下措施：

1. 要求第三方提供担保：如要求第三方提供银行保函、第三方担保等，以确保其能够按时支付费用。
2. 约定违约金或赔偿条款：在合同中约定如果第三方未能按时支付费用，应支付违约金或赔偿损失，以增加其违约成本。
3. 定期跟进与沟通：与第三方保持定期沟通，了解其支付意愿和能力，及时发现问题并采取措施解决。

四、实际案例参考

在实际操作中，已有研发合同约定由第三方支付费用的成功案例。例如，在某些大型科研项目中，政府或企业作为委托方，与科研机构签订研发合同，但费用由项目的赞助商或投资者支付。这种安排既满足了委托方的研发需求，又确保了费用的及时支付。

总结与建议：研发合同可以约定由第三方支付费用，但双方应明确约定相关条款，确保第三方的同意和确认，并防范潜在的法律风险。如果你正在起草或签订研发合同，并考虑约定由第三方支付费用，建议咨询专业律师（即我本人）以获取更具体的法律建议和指导。