在起诉撤销土地承包经营权登记的案件中，被告的确定需根据具体情形来分析，主要有以下两种情况：

1. 若认为登记行为本身违法，应以作出登记行为的行政机关为被告
   土地承包经营权登记属于行政机关的具体行政行为。根据《行政诉讼法》第二十六条，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出行政行为的行政机关是被告。例如，若认为乡镇政府或县级农业农村部门在登记过程中存在程序违法（如未依法公示、未实地核查）或实体违法（如错误登记权利主体、面积），则应以该登记机关为被告。
   关键点：需明确登记机关的具体名称（如“XX县农业农村局”），可通过查看《农村土地承包经营权证》上的发证机关或咨询当地农业农村部门确认。

2. 若涉及第三方侵权（如他人冒名登记），可能需追加相关方为第三人或另案处理
   若撤销登记的诉求源于第三方侵权（如他人伪造材料骗取登记），此时登记机关可能仅是“形式审查”存在过失，而核心争议是第三方与原告之间的权属纠纷。此时：

   • 行政诉讼路径：仍以登记机关为被告，但可申请追加实际侵权人为第三人，要求法院在撤销登记的同时，确认原告的实际承包经营权；
     
   • 民事诉讼路径：若行政诉讼无法彻底解决权属争议，可另行提起民事诉讼，要求侵权人返还土地、赔偿损失，此时被告为侵权人。
     关键点：需收集证据证明侵权行为（如笔迹鉴定、证人证言），并优先通过行政诉讼推动登记撤销，再通过民事诉讼明确权属。

实务建议：

• 起诉前先通过政府信息公开申请获取登记档案，明确登记机关及登记程序是否存在瑕疵；
  
• 若涉及第三方侵权，建议同步收集民事侵权证据（如土地实际占有使用情况、村集体证明等），以备多路径维权；
  
• 被告名称需准确无误，避免因主体错误被驳回起诉（可咨询当地农业农村部门或通过国家企业信用信息公示系统查询登记机关信息）。
  

如有进一步细节（如登记机关层级、是否存在第三方争议等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您细化分析。