当检察院认定行政机关行政违法时，行政机关可能会面临以下几种后果：
行政行为被撤销或确认违法：
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条的规定，行政行为主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序、超越职权、滥用职权或明显不当的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为。同时，根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，行政复议机关也可以撤销、变更或者确认违法行政行为。
- 后果说明：一旦行政行为被撤销或确认违法，该行政行为自始无效，行政机关需要重新作出合法的行政行为，或者承担因违法行政行为给相对人造成的损失赔偿责任。
承担国家赔偿责任：
- 法律依据：根据《中华人民共和国国家赔偿法》的规定，行政机关及其工作人员在行使行政职权时，有侵犯人身权或财产权等违法行为的，受害人有取得赔偿的权利。
- 后果说明：如果行政机关的违法行政行为给相对人造成了实际损失，行政机关需要依法承担国家赔偿责任，包括赔偿相对人的直接损失和间接损失。
行政机关工作人员可能受到处分：
- 法律依据：根据《中华人民共和国公务员法》和《中华人民共和国行政机关公务员处分条例》的规定，公务员在行使职权时违反法律、法规或规章，或者不履行法定职责的，依法给予处分。
- 后果说明：如果行政机关的违法行政行为是由其工作人员故意或过失造成的，相关工作人员可能会受到警告、记过、记大过、降级、撤职或开除等处分。
影响行政机关的信誉和形象：
- 后果说明：检察院认定行政机关行政违法，不仅会对行政机关的执法权威产生负面影响，还可能损害行政机关在公众心目中的信誉和形象。这种影响可能是长期的，甚至可能影响到行政机关未来的执法效果和公信力。
可能引发社会监督和舆论关注：
- 后果说明：在信息时代，行政机关的违法行政行为很容易引发社会监督和舆论关注。这不仅可能给行政机关带来额外的舆论压力，还可能促使相关部门对行政机关进行更严格的监督和审查。
针对行政机关的建议：
- 加强内部监督和审查：行政机关应建立健全内部监督和审查机制，确保行政行为的合法性和合规性。这包括加强对行政执法人员的培训和教育，提高他们的法律意识和执法水平。
- 积极应对检察院的监督：当检察院对行政机关的行政行为提出质疑或认定违法时，行政机关应积极配合检察院的调查和审查工作，及时提供相关证据和材料，并主动纠正违法行政行为。
- 加强与相对人的沟通和协商：行政机关在行使职权时，应加强与相对人的沟通和协商，充分听取相对人的意见和建议，确保行政行为的合理性和可接受性。这有助于减少行政争议和诉讼的发生，维护行政机关的信誉和形象。
总结来说，检察院认定行政机关行政违法时，行政机关可能会面临行政行为被撤销或确认违法、承担国家赔偿责任、工作人员受到处分、信誉和形象受损以及社会监督和舆论关注等多种后果。因此，行政机关应加强内部监督和审查，积极应对检察院的监督，并加强与相对人的沟通和协商，以维护自身的合法性和公信力。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。