施工合同编号的确定通常以合同双方约定为准，但实践中更倾向于由发包方确定或双方共同协商确定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同自由原则角度
   根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定。施工合同编号作为合同组成部分，其确定方式首先应遵循双方合意。若合同中明确约定编号由某一方确定（如发包方或承包方），则按约定执行；若未约定，则需通过补充协议明确。

2. 行业惯例角度
   在建设工程领域，发包方通常处于主导地位，且需对多个合同进行统一管理（如总包合同、分包合同等）。因此，实践中更常见由发包方制定编号规则，例如采用“项目代码+合同类型+序号”的格式，以便于内部归档和流程管控。但这一惯例并非强制，若承包方提出合理异议，仍需协商调整。

3. 合同管理效率角度
   若编号由单方确定，需考虑对另一方的影响：

   • 发包方确定编号：优势在于统一性，但需确保编号不包含歧视性或违法内容（如涉及承包方商业秘密）。
     
   • 承包方确定编号：可能更贴合其内部管理需求，但需避免与发包方其他合同冲突。
     建议：双方可约定编号由一方起草，另一方审核确认，以平衡效率与公平。

4. 争议解决角度
   若因编号产生纠纷（如重复编号导致管理混乱），法院或仲裁机构会优先审查合同约定。无约定时，可能根据行业惯例、双方交易习惯或实际履行情况综合判断。例如，若发包方长期使用特定编号规则且承包方未提出异议，可能被推定为双方认可的惯例。

实务建议：

• 在合同签订阶段，明确约定编号的确定方式、格式及变更程序；
  
• 若由一方确定编号，需在合同中排除对方对编号的异议权（如约定“承包方不得以编号问题拒绝履行合同义务”）；
  
• 编号应避免使用模糊或易混淆的字符（如“O”与“0”），并预留足够位数以适应项目扩展。
  

如有具体合同条款或行业特殊规则需要分析，可进一步提供细节，我将为您详细解答。