在永久基本农田上种植莲藕一般是不合法的，以下从几个方面为你详细分析：
一、永久基本农田的特殊保护性质
永久基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，受到国家法律的严格保护。根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，永久基本农田主要用于粮食生产，以确保国家粮食安全。这意味着，永久基本农田的使用应当严格遵循其规划用途，不得随意改变。
二、种植莲藕可能涉及的土地用途变更问题
土地用途变更的限制：
- 永久基本农田一旦划定，其用途就受到严格限制，不得擅自改变用于非粮食生产。种植莲藕，虽然也是一种农业生产活动，但它通常不被视为粮食生产，而是属于经济作物或水生作物的种植。
- 如果要在永久基本农田上种植莲藕，实际上涉及到了土地用途的变更，这需要经过相关部门的批准和许可。未经批准擅自改变土地用途，是违法的行为。
可能的法律后果：
- 如果未经批准在永久基本农田上种植莲藕，可能会面临行政处罚，包括责令恢复土地原状、罚款等。
- 在严重的情况下，如果这种行为导致了土地资源的严重破坏或浪费，还可能触犯刑法，承担刑事责任。
三、合法种植莲藕的途径与建议
了解并遵守相关法律法规：
- 在考虑种植莲藕之前，应当首先了解并遵守国家关于永久基本农田保护的相关法律法规，确保自己的行为合法合规。
咨询并获得相关部门批准：
- 如果确实有在永久基本农田上种植莲藕的需求，应当向当地农业农村部门或自然资源部门咨询，了解具体的政策要求和审批流程。
- 在获得相关部门批准后，按照批准的要求和条件进行种植活动，确保不违反土地用途变更的规定。
考虑其他合适的土地：
- 如果无法获得在永久基本农田上种植莲藕的批准，可以考虑寻找其他合适的土地进行种植，如一般农田、水域等。
总结与建议：永久基本农田受到国家法律的严格保护，其用途不得擅自改变。在考虑种植莲藕等经济作物时，应当首先了解并遵守相关法律法规，确保自己的行为合法合规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。