针对您提出的“运输企业只有三辆车，有两辆车超限运输被处罚了，企业该怎么处罚”这一问题，首先需要明确的是，企业本身不会直接因车辆超限运输而受到行政处罚，但企业的相关责任人员或直接实施超限运输的驾驶员可能会面临处罚，同时企业也可能因管理不善承担相应责任。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、对驾驶员的处罚
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国公路法》及《超限运输车辆行驶公路管理规定》等相关法律法规，超限运输的驾驶员将面临罚款、扣分等行政处罚。具体罚款金额根据超限程度、情节严重性等因素确定，可能从几百元到数万元不等。
- 若超限运输情节严重，如造成公路损坏等，驾驶员还可能面临更严厉的处罚，包括但不限于吊销驾驶证等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如超限运输导致严重交通事故，构成犯罪的，驾驶员将依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、拘役等刑罚。
二、对企业的责任
管理责任：
- 企业作为车辆的所有者和管理者，有义务确保车辆合法合规运营。若企业未能有效管理车辆，导致超限运输行为发生，企业可能因管理不善而承担相应责任。
- 交通运输管理部门可能会对企业进行警告、罚款等行政处罚，并要求企业整改，加强车辆管理。
经济赔偿：
- 若超限运输行为导致公路损坏或其他第三方损失，企业作为车辆所有者，可能需要承担经济赔偿责任。
- 赔偿金额将根据实际损失情况确定，可能包括修复费用、赔偿金等。
三、企业应采取的措施
立即整改：
- 企业应立即停止超限运输行为，对涉事车辆进行整改，确保车辆符合法定载重标准。
- 对驾驶员进行安全教育和培训，提高其对超限运输危害性的认识。
配合调查：
- 企业应积极配合交通运输管理部门的调查工作，提供相关证据和资料。
- 如实说明情况，接受处罚，并按照要求整改到位。
加强管理：
- 企业应建立健全车辆管理制度，加强对车辆和驾驶员的监管。
- 定期对车辆进行安全检查和维护，确保车辆处于良好状态。
- 加强对驾驶员的培训和考核，提高其安全意识和操作技能。
四、法律建议
- 及时咨询：若企业对处罚决定有异议或需要进一步了解相关法律法规，建议及时咨询专业律师或交通运输管理部门。
- 合法合规运营：企业应始终将合法合规运营放在首位，避免因追求短期利益而忽视法律法规和安全生产要求。
总结来说，虽然企业本身不会直接因车辆超限运输而受到行政处罚，但企业的相关责任人员或驾驶员会面临处罚，同时企业也可能因管理不善而承担相应责任。因此，企业应立即整改、配合调查、加强管理，并咨询专业律师以了解具体法律责任和应对措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。