结论：公司报警职务侵占后，在案件还未到法院阶段，若与公司协商好了，一般情况下是可以向公安机关申请撤案的，但具体能否撤案需视案件具体情况和公安机关的审查结果而定。

分析说明：

1. 职务侵占案件的性质：

   • 职务侵占属于刑事案件范畴，一旦公安机关立案，就进入了刑事诉讼程序。刑事诉讼程序有其独立的运行规则，不是完全由当事人意志所决定的。

2. 撤案的条件与程序：

   • 根据《刑事诉讼法》的相关规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。这通常意味着案件缺乏足够的证据证明犯罪嫌疑人有罪，或者犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪。
   • 在公司报警职务侵占后，如果双方协商好了，公司可以向公安机关提出撤案申请。但公安机关会依法对案件进行审查，如果认为案件符合撤案条件，才会作出撤案决定。

3. 协商好的影响：

   • 双方协商好并不意味着案件必然可以撤案。协商结果可能作为公安机关审查案件时的一个参考因素，但并非决定性因素。
   • 公安机关在审查撤案申请时，会综合考虑案件的证据情况、犯罪嫌疑人的行为性质、社会危害程度等多方面因素。

4. 实际操作中的建议：

   • 如果公司希望撤案，应尽快与公安机关沟通，提交撤案申请，并说明撤案的理由和依据。
   • 同时，公司应保留好与犯罪嫌疑人协商的相关证据，如协商记录、和解协议等，以备公安机关审查时使用。
   • 如果公安机关决定不撤案，公司应积极配合公安机关的侦查工作，提供必要的协助和支持。

特殊场景提醒：

• 如果职务侵占行为已经造成了严重的社会危害或者涉及其他犯罪行为，即使双方协商好了，公安机关也可能不会轻易撤案。
• 另外，如果犯罪嫌疑人已经对被害人进行了赔偿并取得了谅解，这可以作为量刑时的一个考虑因素，但并不影响案件的立案和侦查程序。

后续行动建议：

• 在协商过程中，建议公司咨询专业律师的意见，以确保协商结果的合法性和有效性。
• 如果公安机关决定不撤案，公司应考虑是否需要通过法律途径维护自己的权益，如提起附带民事诉讼等。

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