关于您提出的“在职工可以包含竞业协议补偿金吗”这一问题，这实际上涉及到竞业限制协议中补偿金的支付方式及其合法性。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律并未明确规定补偿金必须独立于工资之外
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。此条款并未明确规定补偿金的支付方式，即是否必须独立于工资之外进行支付。
二、合同效力取决于双方意思表示及公平性
意思自治原则：依据《民法典》，只要合同双方具有民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律法规的强制性规定及公序良俗，合同即为有效。因此，如果劳动者明知并同意竞业协议补偿金包含在工资中，且该协议内容真实反映了双方的意愿，那么该竞业合同在法律上是可以被视为有效的。
无效情形：然而，如果补偿金过低导致劳动者生活水平大幅下降，可能被视为显失公平，此时受损害方（劳动者）有权请求撤销合同。另外，如果用人单位采用欺诈、胁迫或乘人之危等不当手段使劳动者接受不利条款，该合同也可能被认定为无效或可撤销。
三、司法实践中的差异
不同地区法院对竞业限制补偿金包含在工资中的合同效力可能持不同看法。部分法院可能更倾向于认为补偿金应单独支付，以确保劳动者的权益；而部分法院则可能更注重双方的意思自治，只要双方同意且协议内容合法，即视为有效。
四、合法有效的竞业限制协议条件
为了确保竞业限制协议的合法性和有效性，用人单位应满足以下条件：
协商一致：与劳动者依法协商一致签订竞业限制协议。
意思表示真实：协议内容应真实反映双方的意愿，且限制人员需符合规定。
期限合理：竞业限制的期限不得超过二年。
五、综合建议
为了避免潜在的法律纠纷和确保竞业限制协议的有效性，我建议您：
明确支付方式：用人单位应明确将竞业限制补偿金与工资分开支付，以避免因支付方式不明确而引发的争议。
遵循补偿金标准：按照劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月平均工资的一定比例支付补偿金，且不得低于该比例的30%，同时不低于当地最低工资标准。
确保协议合法合规：在签订协议时，应确保双方意思表示真实，协议内容合法合规，以维护双方的合法权益。
综上所述，虽然法律并未明确规定竞业协议补偿金不能包含在工资中，但为了确保协议的合法性和有效性，以及避免潜在的法律纠纷，我建议您将竞业限制补偿金与工资分开支付。