结论：收了费用但在仲裁期间不承认是否违法，这取决于费用的性质、收取的合法性以及不承认的具体情形。以下从不同角度进行分析：

1. 如果收取的费用是合法且合理的：

   • 合法性基础：例如，在劳动仲裁中，如果一方因聘请律师或专业代理人而支付了合理的代理费，且该费用有明确的合同或协议作为依据，那么这种收费是合法的。
   • 不承认的后果：若一方在仲裁期间无正当理由不承认已收取的合法费用，这可能构成对事实的否认或虚假陈述。在仲裁过程中，双方都有义务如实陈述事实，提供证据。如果一方故意隐瞒或歪曲事实，仲裁庭有权根据证据和法律规定作出裁决，并可能对不诚实的一方进行相应的处罚，如要求其承担额外的仲裁费用或赔偿对方因此遭受的损失。

2. 如果收取的费用是非法或不当的：

   • 非法性表现：例如，一方可能以欺诈、胁迫或利用对方无知等手段收取不合理的费用，或者收取的费用超出了法律规定的范围或标准。
   • 不承认的后果：在这种情况下，不承认非法收取的费用可能并不构成违法行为本身，但收取非法费用的行为本身就是违法的。如果受害方能够提供证据证明费用的非法性，仲裁庭或法院将不会支持非法收费方的诉求，并可能要求其退还非法收取的费用，甚至可能面临法律制裁，如罚款、没收违法所得等。

3. 关于不承认的具体情形：

   • 完全否认：如果一方完全否认曾收取过任何费用，而另一方能够提供确凿的证据（如转账记录、收据、合同等）证明费用的支付，那么否认方将面临举证不能的风险，仲裁庭或法院将根据证据作出裁决。
   • 部分否认：如果一方承认收取了部分费用，但否认收取了全部费用或否认费用的性质（如认为是借款而非代理费），那么双方将围绕费用的具体数额和性质进行举证和辩论。仲裁庭或法院将根据双方的证据和法律规定进行裁决。

法律建议：

• 在劳动仲裁过程中，双方都应保持诚实和透明，如实陈述事实，提供证据。
• 如果一方认为另一方收取的费用不合法或不合理，应及时提出异议，并收集相关证据以支持自己的主张。
• 如果面临对方不承认已收取费用的情况，不要慌张，应积极收集证据，如转账记录、收据、合同、聊天记录等，以证明费用的支付和性质。
• 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果一方在仲裁过程中故意隐瞒或歪曲事实，可能面临仲裁庭或法院的处罚，如要求其承担额外的仲裁费用、赔偿对方损失等。
• 如果一方收取的费用被认定为非法或不当，可能面临退还费用、罚款、没收违法所得等法律制裁。