特殊工种作业证不必须由总包单位正式员工持有，分包单位员工在符合条件的情况下也可以持有并使用。具体分析如下：

1. 法律与资质要求层面
   根据《安全生产法》及《特种作业人员安全技术培训考核管理规定》，特种作业人员（如电工、焊工、高处作业等）必须经专门培训并取得《特种作业操作证》，方可上岗作业。法律未限定持证人员必须属于总包单位，而是强调持证人员需具备相应资质。因此，分包单位员工若通过合法程序取得作业证，即具备操作资格。

2. 总包与分包的责任划分

   • 总包单位对施工现场安全负总责，需审核分包单位资质及人员持证情况。若分包单位员工持证上岗，总包单位需确认其证件真实有效，并在作业过程中履行安全监管职责。
     
   • 分包单位作为实际用工主体，需确保其员工持证上岗，并对作业安全承担直接责任。若分包单位员工无证作业，总包单位可能因未尽到监管义务而承担连带责任。

3. 实务操作中的关键点

   • 证件一致性：分包单位员工持有的作业证需与作业内容匹配（如电工证用于电气作业），且在有效期内。
     
   • 总包单位审核义务：总包单位应留存分包单位员工证件复印件，并通过官方渠道核验证件真伪。
     
   • 动态管理：若分包单位员工证件过期或作业内容变更，总包单位需及时要求分包单位更新证件或调整作业安排。

建议：总包单位与分包单位应在合同中明确特种作业人员资质要求及责任划分，并在作业前联合核查人员证件，避免因资质问题引发安全事故或行政处罚。若您涉及具体项目中的资质管理问题，可进一步提供细节，我将结合《建设工程安全生产管理条例》等法规为您分析风险点。