核心结论：未经授权的农资店销售种子出现问题，需根据问题性质（如种子质量、标签违规、侵权等）采取不同处理措施，包括行政投诉、民事索赔、刑事举报等。以下是具体分析：

1. 明确问题性质，固定证据

• 种子质量问题（如发芽率不达标、品种不纯）：需委托农业部门下属的种子质量检验机构出具检测报告，证明种子不符合国家标准或包装标注指标。
• 标签违规（如未标注品种名称、审定编号、检疫证明编号）：依据《种子法》第四十一条，种子标签和使用说明的内容应当与销售的种子相符，不得作虚假或引人误解的宣传。
• 侵权问题（如假冒他人品种权）：需通过DNA指纹图谱检测等技术手段，证明种子与授权品种存在实质性相似，构成《植物新品种保护条例》第六条规定的侵权行为。
• 证据固定：包括购买凭证（发票、收据）、种子包装、剩余种子、问题现场照片/视频、损失评估报告（如减产数量、市场价格）等。

2. 行政投诉路径

• 向农业农村部门举报：依据《种子法》第七十七条，未取得种子生产经营许可证经营种子的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令改正，没收违法所得和种子；违法生产经营的货值金额不足一万元的，并处三千元以上三万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额三倍以上五倍以下罚款。
• 向市场监管部门投诉：若涉及虚假宣传、商标侵权等，可依据《消费者权益保护法》第五十五条主张“退一赔三”，最低赔偿500元；若涉及商业秘密泄露或不正当竞争，可依据《反不正当竞争法》主张赔偿。

3. 民事索赔路径

• 合同纠纷：若农资店承诺种子质量（如口头或书面保证），可依据《民法典》第五百七十七条主张违约责任，要求赔偿实际损失（如补种费用、减产损失）。
• 产品责任纠纷：若种子存在缺陷导致损害，可依据《民法典》第一千二百零三条主张侵权责任，要求赔偿医疗费、误工费、财产损失等。
• 举证责任：消费者需证明种子与损害之间的因果关系（如农业专家鉴定报告），农资店若主张免责，需证明种子符合国家标准或损害由其他因素导致。

4. 刑事举报路径

• 生产、销售伪劣种子罪：依据《刑法》第一百四十七条，若种子使生产遭受较大损失（一般指减产50%以上或绝收），可对直接责任人员处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处销售金额50%-2倍罚金。
• 非法经营罪：若农资店未取得种子生产经营许可证且情节严重（如经营数额5万元以上或违法所得1万元以上），可依据《刑法》第二百二十五条处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得1-5倍罚金。

5. 特殊情形处理

• 农民自繁自用例外：依据《种子法》第三十七条，农民个人自繁自用的常规种子有剩余的，可以在当地集贸市场上出售、串换，不需要办理种子生产经营许可证，但不得包装、标注或假冒他人品种。
• 进口种子监管：若涉及未经审定或检疫的进口种子，需依据《进出境动植物检疫法》和《农作物种子进出口审批管理办法》处理，可能涉及海关、林业草原部门联合执法。

行动建议：

1. 立即停止使用问题种子，保留现场证据；
   
2. 委托专业机构检测种子质量或品种真实性；
   
3. 根据损失程度选择行政投诉（快速止损）或民事诉讼（全面赔偿）；
   
4. 若涉嫌犯罪，向公安机关经侦部门报案并提交证据。
   

如有进一步细节（如种子类型、损失金额、农资店资质等），可向我补充说明，我会为您定制更具体的处理方案。